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Bulk-sequencing 혹은 Spatial transcriptomics 데이터의 Phenotype을 보기 위해, Histopathology (혹은 Whole-slide Imaging) 데이터와 결합하여 보는 경우가 많아졌다. 나는 이 연구를 시작하게 된 계기는, 하버드 Peter park 랩에서 Normal tissue에 대한 CNV 연구가 활발한데, 정상인에서 발견되는 초기암으로 생각되는 CNV의 phenotype을 WSI에서 과연 볼 수 있을까? 에 대한 주제로 코웍을 하게 된 것인데, 만약 Histopathology에서 CNV를 어느정도 탐지할 수 있는 능력이 있다면, 때 초기암의 phenotype으로 여겨지기도 하는 hyperplasia같은 영역을 중요한 patch로 꼽지 않을까? 하는 질문..

일기 처럼 적는 이 글에서, 포닥을 준비하시는 분들께 조금이나마 도움이 되었으면 하지만 정말 제 개인적이고 주관적인 생각이 포함된 글이며 분야마다 상이할 수 있으니 귀엽게 봐주시면 감사하겠습니다. 2022년에 전문연구요원이 끝나는 시기에 맞춰, 미국 포닥 (PostDoc)을 준비했다. COVID-19 오미크론으로 NIW로 미국 영주권 비자인터뷰가 늦어지는 바람에, 2023년 랜딩을 목표로 정말 천천히, 느릿느릿 준비했다. 탑스쿨이라고 할 수 있는 곳에서는 아래의 4곳에서 순서대로 최종 오퍼를 받았는데, 여기까지 달려왔던 여정들을 한 번 정리해보고자 한다. 1. 하버드 의과대학, Department of BioMedical Informatics, Genomics lab 2. 스탠포드 의과대학, Radiol..

다운로드 링크1 - ImageURL_1.1.zip 다운로드 링크2 - ImageURL_1.1.zip (google drive) URL 로부터 이미지를 다운받아야 하는 작업이 필요하다는 분이 있어서, 프로그램을 하나 만들어봤습니다. 이 프로그램은 사용자가 입력한 URL로부터 이미지를 자동으로 확인하고, Space (혹은 클릭) 키보드 입력을 통해서 자동으로 이미지를 다운로드 할 수 있는 프로그램입니다. 프로그램의 주요 기능은 여러 이미지를 키보드를 통해 넘기고, space를 통해 다운로드 하는 기능입니다. 입력된 URL 인터넷 주소에서 이미지만 추출하여 다운로드할 수 있는 기능을 제공합니다. 사용법은 다음과 같습니다. 1. ① 번에 검색하고자 하는 URL 인터넷 주소를 입력하세요. 2. ② 번을 클릭하여,..

2021년 12월 초에 P3 (DQ: documentarily qualified) 를 받았고, 기다리는 도중에 2022년 4월, 심지어는 2022년 8월에 P3를 받으신분도 2023년 2월달에 P4를 받았다는 케이스를 몇개 보았다. 너무 부럽기도 하고, 내 케이스만 왜이렇게 늦는 것일 까, 멘붕이 와서 Visa Status Check 에서 내 케이스 주변을 살펴보았다. * 영사전자신청센터 CEAC (Consular Electronic Application Center) https://ceac.state.gov/CEACStatTracker/Status.aspx CEAC ceac.state.gov 위 웹사이트에서는 나의 Case ID를 알면 상태를 조회할 수 있다. 내 CASE 번호를 중심으로 맨 끝자리 숫..

BIML, single cell 강의 들으면서 정리해본 내용입니다. 1. Data Format Annotated data: Single cell data를 효율적으로 구성한 데이터 format obsp: (n_obs, n_vars)인 sparse matrix dictionary 일반적으로 n_obs는 Cell의 수이고, n_vars는 Gene의 수 obsm: (n_obs, n_comps)인 sparse matrix dictionary 여기서 n_comps는 구성 요소의 수. -> 차원 감소 또는 클러스터링 알고리즘의 결과를 저장하는 데 사용 (PCA 또는 t-SNE 시각화 등의 2차원 정보 등을 저장) varm: (n_vars, n_vars)인 sparse matrix dictionary 여기서 n_va..

1. Transformer에서 self-attention의 의미 Self-attention은 자연어 텍스트와 같은 Sequential data를 처리하기 위한 Transformer layer에 있는 메커니즘입니다. 이를 통해 모델은 시퀀스의 중요한 부분에 집중하여 시퀀스의 각 요소에 대한 표현을 계산할 수 있습니다. Attention score는 위 그림처럼, 2차원의 word vector에 대해 Matrix multiplication이 수행됩니다. Word embedding이 잘 되어있다면, 비슷한 의미를 가지는 단어는 비슷한 Feature pattern을 보일 것입니다. 따라서, 같은 문장의 MatMul을 통해 만들어진 Attention score (Matrix)는 '유사도' 처럼 작동할 것입니다. ..

Yemen 국적을 가지고, 중국의 AI 연구소에서 일하는 친구가 있습니다. 그 친구의 친구는 Nigeria 출신인데, 같이 중국에서 일하고 있습니다. 이 두 친구는 Ph.D. 와 충분한 수의 논문과 인용, 그리고 특허를 갖고 있기에 별 문제 없이 NIW의 i-140을 승인받았습니다. 저는 현재 NIW를 진행중이며, DS-260의 P3 (Document Qualitifed) 이후 14개월동안 비자인터뷰 날짜를 통보받지 못한 상황인데, 두친구의 time-line을 보고는 깜짝 놀랐습니다. P3: 2022. 12. 07 P4: 2023. 02. 03 만으로 3개월도 안되어 인터뷰 통보를 받았습니다. 이는 국가별로 quota가 정해져있기 때문으로 해석되는데, Monthly Immigrant Visa Issuan..

우선 NIW로 i-140을 진행한 후 DS-260을 진행중이라면, 이는 EB-2 비자로 진행되는 것입니다. 참고로 EB는 Employment-Based의 약자입니다. NVC (National Visa Center) 에서 대사관으로 넘어가길 기다리고 있는 상황인데, 이때 visa의 문호가 열려있는지 아래의 "visa bulletin info" 웹사이트에서 확인할 수 있습니다. https://uscis.gov/visabulletininfo Adjustment of Status Filing Charts from the Visa Bulletin | USCIS If USCIS determines there are more immigrant visas available for a fiscal year than th..

학교 이메일, 회사 이메일, 이전 회사 이메일 등등 여러개가 있다보니, 하나의 이메일로 포워딩으로 모아서 쓰는게 보편적인데, 매번 이메일 패스워드 등의 갱신으로 에러를 겪다가, 그냥 제가 직접 정리해보고자 합니다. 에러 모습은 다음과 같습니다. 메일이 전송되지 않음 '다른 주소에서 메일 보내기' 기능을 사용하여 다른 주소에서 또는 별칭으로 메일을 보냅니다. '다른 주소에서 메일 보내기' 계정의 설정이 잘못 구성되었거나 오래되었습니다. 설정을 확인하고 다시 전송해 보세요. 자세히 알아보기 gmail Application-specific password required. 다른 gmail의 아이디로 보내기를 위해서, App password를 발급받아야 합니다. 1. 기존 gmail 계정 말고, 보내고자 하는 ..

Python은 아무래도 컴파일 되는 것이 아닌, 스크립트 언어다 보니 단순 반복연산에 대한 for loop는 상당히 느립니다. 따라서 map, filter, reduce 등으로 대체하는 것을 권장하고 있는데, 세 가지 문법에 대해서 가볍게 정리해보겠습니다. import math import time import numpy as np # 0