so_sal　

https://github.com/cardiomoon/shinyLecture2 shiny1.pdf : R과 Shiny를 이용한 Web Application 제작(I) shiny2.pdf : R과 Shiny를 이용한 Web Application 제작 (II) Shiny3.pdf : RStudio addin 제작 Shiny4.pdf : Shiny module 완전 좋은 강의자료.나중에 보기 위해서 URL만 남겨놓는다. 성의없는 포스팅이지만 .. ㅠㅠ자세한 리뷰는 다음기회에.

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ R 프로그래밍에서 Logistic regression, SVM, 혹은 딥러닝 결과 등을 정리할 때ROC curve와 AUC를 계산하기 위해서 매번 pROC, ROCR 등의 라이브러리로허접한 기본 figure들을 만들었었다. 항상 찝찝한 마음으로 기본적인 figure를 그리다가..오늘 찾아보니 Epi라는 패키지를 쓰면 매우 쉽게 좋은 ROC curve 그래프를 그릴 수 있다는 것을 발견했다. install.packages("Epi")간단하게 설치해주고.. library(Epi) ROC(predicted, label) # also try adding plot="sp"코드 한줄이면 그래프가 그려진다. ex) library(Epi) pr..

gsutil은 google sotrage를 다루기 위한 툴인데,GnomAD, 1000 genome 등등 공개 빅데이터를 다운받으려면 gsutil 이라는 툴을 사용해야 하는 경우가 많다. 프로그램에 대한 자세한 설명은 안나와있지만, 다운로드 속도가 빠른걸 보니아마 UDP 기반으로 만들어진 파일전송 시스템이 아닐까 싶다. ;; [sosal@cipher reference]$ uname -aLinux cipher.snubi.org 2.6.32-642.4.2.el6.x86_64 #1 SMP Tue Aug 23 19:58:13 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 리눅스에서 uname -a라고 치면, 64비트인지 32비트인지 알 수 있다.x86_64 이기 때문에, 64비트이며 아래..

Failed building wheel for scikit-image Running setup.py clean for scikit-imageFailed to build scikit-imageInstalling collected packages: scikit-image Running setup.py install for scikit-image ... error ..... compiling C sources error: Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with "Microsoft Visual C++ Build Tools": http://landinghub.visualstudio.com/visual-cpp-build-tools ######## Solution ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://github.com/aleju/imgaug/blob/master/README.md 여러가지 이미지 Augmentation 기법들을 github에 어떤 분이 정리해주셨다.깃헙 사이트 들어가면 더 잘 나와 있겠지만.. 나중에 기억하기 위해 포스팅 하나 남겨놓는다.

http://www.liuzlab.org/TCGA2STAT/ https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/index.html TCGA2STAT: Simple TCGA Data Access for Integrated Statistical Analysis in R Automatically downloads and processes TCGA genomics and clinical data into a format convenient for statistical analyses in the R en environment. R을 이용해서 TCGA 데이터를 바로 불러올 수 있는 패키지. 2015. 11. 14. Wan, Ying-Wooi, Genevera I. Allen..

0. Input으로 사용할 Sequence data 준비. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/에서 아무거나... faa 확장자 파일 준비.모든 파일들을 하나로 합쳐서 sequences.faa 라는 파일로 완성.. # head sequences.faa 1. BLAST Linux executable 파일 다운로드URL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ NCBI에서, 소프트웨어 다운로드란에 들어가서 BLAST를 다운받는다. 2. wget으로 위의 blast x64-linux.tar.gz파일 다운로드. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe..

MRI: Magnetic Resonance Imaging. 자기공명영상 MRI는 신경학 및 신경외과에서 가장 일반적으로 사용되는 검사.뇌, 척수 및 혈관 해부학에 대한 세부 사항을 제공하며, 해부학을 시각화 할 수 있다는 이점이 있음. 가로면, 관상면, 시상면 (영문으로는 각 Axial, coronal, sagittal 으로 표현) 으로 해부학을 보여주며,절편 두께는 1~10 mm로 다양하다. 특히 MRI는 관상, 시상 (Coronal, Sagittal) 영상에 특히 좋다.가로면 (Axial) 영상은 CT가 우월하다고 한다. (그래서 MRI를 CT로 변환하는 논문들의 figure들은 주로 Axial을 나타낼까...? ) MRI Basic은 http://casemed.case.edu/clerkships/n..

매트랩은 무겁고, 용량도 커서 내 노트북에 설치하고 다니기가 힘들었다.모듈들 이것저것 받다보면 엄청나게 뿔어나는 용량.. 매트랩 초보자라 몰랐던것 같기도 한데, 온라인 버전으로 코딩하는 서비스가 있었다. https://matlab.mathworks.com/ MATLAB 라이센스만 있으면 바로 이용가능하다.분석하고자 하는 데이터, 혹은 이미지 업로드도 가능하다. Cloud Storage and Synchronization Full integration with MATLAB Drive gives you 5GB to store, access, and manage your files from anywhere with MATLAB Online. Use MATLAB Drive Connector to sync you..

진짜 scipy 안에 있는 모듈을 import 할 때, DLL이 없다고 에러가 난다. 구글링 해서 Stack-overflow 같은 곳에서는 NumPy+MKL 를 설치하라고 난리다.해당 파일은 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 에서 다운받아서 설치할 수 있지만,본인은 아무리 Numpy, scipy를 지우고 NumPy+MKL을 따로 받아 설치하고 해도scipy는 import 되는데, 안에있는 sub-module에 대해서는 DLL error가 발생했다. >>> import scipy# scipy는 잘 import 됨. >>> import scipy.miscTraceback (most recent call last): File "", line 1, in File "C:..