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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 카메라 테스트겸, 저녁먹고 오는길에 이래저래 사진좀 찍어봤습니다. 서울대의대 연건캠퍼스의 교육관에서 기초연구동을 바라보고 찍어봤습니다. 이건 기초동 아래에서 위로 찍어봤습니다. 노후된 건물과, 상단의 '서울대학교 의과대학; 간판이 인상적입니다. 이건 기초동 앞에서 블랙머그 커피숍을 바라보고 찍어봤습니다. 신축중인 건물... 건물이름도 모르고 있네요. 신축건물 앞쪽 쉼터(?), 공원(?) 쪽에 이상한 물 웅덩이를 만들어 놨네요

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Park, Sunho, et al. "An integrative somatic mutation analysis to identify pathways linked with survival outcomes across 19 cancer types." Bioinformatics 32.11 (2016): 1643-1651. Bioinformatics 저널에 나온 figure 3번 결과를 보면서, Log-Rank p-value가 유의하게 나온 것을 보면서 이렇게 그룹이 많은데 log-rank test는 당연히 유의하게 나오는 것이 아닐까? 라는 생각을 해봤다. 이 그래프에 대한 설명은 다음과 같다. Cancer-type-specific a..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 다음 지도 API키 발급받기 다음에 로그인을 한 후, 아래 사이트에 접속한다. http://apis.map.daum.net/web/guide/ 왼쪽 탭 아랫쪽에, 키발급 버튼을 누르시면 콘솔 관련 웹사이트로 이동하게 됩니다. 여기서 앱 만들기 버튼을 누르시고 앱을 생성하시면 됩니다. 저는 단순히 practice라는 이름으로 앱을 만들었고, 화면에서 앱 이름과 앱 ID, 앱 URL 등을 확인할 수 있습니다. 화면 아랫쪽엔 REST/JS API에서 + 버튼을 누르시면 실제 API_Key를 받아볼 수 있습니다. 저는 sosal.kr 웹페이지에서 API를 테스트 해볼 예정이기 때문에, sosal.kr를 Referer에 넣어주었습니다. 완..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ R 설치할 때, 다른 package에 dependency가 있을 경우 혼란스러운 경우가 많다. RcppArmadillo 패키지를 설치하려는데 에러가 발생했다.ERROR 메시지에는 Configuration failed가 뜨는데 딱히 도움이 되는 에러가 아니다. WARNING을 찾아보니, G++가 4.6버전보다 높아야 한다고 한다. [sosal@piano GEODATA]$ R CMD INSTALL RcppArmadillo_0.7.100.3.1.tar.gz * installing to library '/storage/home/sosal/programs/R/R-devel/library' * installing *source* packag..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 서울대학교 시스템면역의학 연구소 다녀오면서 하루 묵었던 펜션입니다. 시스템 면역의학 연구소에서 걸어서 10~15분 위치에 있습니다. 숙소 내부나 그런 사진들은 거의 못찍었네요.. 입구입니다. 맞은편엔 계곡이 있습니다. 깨끗한 물이 졸졸 흐르고 있어요. 이렇게 숙소가 많습니다.. 통나무 펜션 답게, 펜션들이 다 통나무로 되어있네요. 말 그대로 닉값 잘하네요. 길 건너편엔 이렇게 계곡이 흐릅니다. 물 정말 맑아보여요. 5월이라 아직 물이 너무 차가웠는데, 여름에 오게되면 진짜 재밌게 놀 수 있을 것 같네요. 우측엔 버스기사님께서 한번 돌다리를 건너고 계시는 모습입니다. 마당엔 이렇게 엄청 큰 개가 우리 안에 있네요..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 홍천 시스템 면역의학 연구소 다녀왔습니다. 강원 홍천군 화촌면 군업리 950-1 홍천에 있네요. 정말 구석진 곳에 있어서, 도로에 차 한대 지나가는것도 보기 힘듭니다. 조용한 곳이고, 심심찮게 뱀 지나가는것도 구경할 수 있는 산골에 있네요. 서울대학교 시스템 면역의학연구소 정면 모습입니다. Wide River Inside of Immunology Seoul National University 라고도 적혀있네요. 태양, 구름이 유리에 비춰지는 모습이 인상적입니다. 제가 근래에 찍은 사진중에 가장 맘에드는 사진이네요.. 면역의학연구소 앞 전경은 이렇습니다. 첩첩산중이네요. 앞에 보이는 건물은 숙소(?), 기숙사.. 처럼 보이는데 가보..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://www.biostars.org/p/100123/ 바이오스타를 뒤적이다가 'Separate enrichment analysis of pathways for up- and downregulated genes' 라는 제목의 글을 봤다. Hong, Guini, et al. "Separate enrichment analysis of pathways for up-and downregulated genes." Journal of The Royal Society Interface 11.92 (2014): 20130950. 보통 Gene ontology analysis (혹은 GO analysis)를 할 때, Upregulated ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 영어 원서 서적 Bioinformatics은 2004년, 번역된 책 '생물정보학' 은 2003년도 출판된 서적이다. (맨 위의 빨간 책과 원저자가 같은걸로 봐선 다른판본의 번역본인듯) 어릴적부터 책을 가지는걸 그렇게 좋아했는데, 아무튼 약 13년이 지난 책들의 contents를 보니 정말 격세지감이란걸 느낀다. 가지고있는 책의 주요 컨텐츠는 Sequence alignment다. 추가적으로 BLAST, FASTA 같은 Sequence similarity를 평가하는 알고리즘에 대한 내용과 유전자 서열, Structure, Phylogenetic prediction 등의 내용이 있다. 재미있는건 위의 셋 서적 모두, Microarray..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Tumor suppressor gene (TSG) 은 말그대로 세포가 종양으로 발전하는걸 막는 유전자다. 암환자 유전체에서 이 유전자에 대한 Loss of Heterozygosity (LOG) 혹은 Loss of function mutation이 일어나는 경우가 많다. 대표적으로 TP53이라는 유전자가 있다. http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TP53 Alias 중에, Tumor Suppressor P53이라는 이름이 있을 정도로 대표적인 Tumor suppressor gene중 하나이다. 개인적으로 TCGA의 Colon Adenocarcinoma환자 205명의 somatic..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 네스카페 NESCAFE - 돌체구스토 (Dolce Gusto) 캡슐커피머신을 얻어왔습니다. 제가 산건 아니고, 친한 친구가 안쓴다며 그냥 공짜로 줬네요. 너무 감사하게 바로 연구실로 들고왔습니다 ㅋㅋ. 이렇게 귀엽고 동그랗게 생겼습니다. 뒤쪽은 사진이 없지만, 수통이 있구요 저 머리 앞쪽 부분에 캡슐을 넣으면 됩니다. 이렇게 캡슐을 딱 넣고 물을 내리면, 캡슐안에 있던 커피에 물이 통과하면서 커피가 내려옵니다. 커피가루 같은건 전혀 안내려오고, 저기 캡슐안에 든 채로 버려지게 됩니다. 캡슐 안에 그냥 커피 농축액이 들어있을 줄 알았는데, 아니더라구요. 그래서 한번 까봤습니다 ㅋㅋ. 캡슐커피 안에는 이렇게 커피가루가 흩날리지 않도록..