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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Python 간단한 실습강의에서 나왔던 연습문제들을 소개하고자 합니다. exercise1: 연속적으로 Hydrophobic한 아미노산(Amino acid)이 연속적으로 나오는지를 판별하는 프로그램을 구현한다. exercise2: 제한효소가 있는 부위를 잘라서 line별로 출력하라. exercise1. 입력된 Sequence가 Hydrophobic인지 검사하라. - 다음 7개의 아미노산 FILAPVM은 Hydrophobic한 아미노산이다. - 이 아미노산들이 연속적으로 나온다면 Hydrophobic이라고 한다. - 연속적으로 7개 이상의 Hydrophobic한 아미노산이 나오면 Strong hydrophobic signal을 출력한..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Pycharm을 사용하다가 글자크기가 작고 라인크기도 커서 바꾸려고 했는데 이상하게 edit, view를 아무리 뒤져봐도 preference가 안보이더라구요. 1. pycharm에서 이렇게 메인창이 보인다면 왼쪽 상단의 file 탭을 클릭합니다. 2. file tab 안의 setting을 클릭하세요. 3. setting에서 뜨는 팝업에서 Editor -> Colors & Fonts -> Font를 누릅니다. 그러면 우측에 폰트변경하는 칸이 보이는데, 이때 font size와 Line spacing같은게 수정이 안됩니다. 빨간 네모칸을 친 Save As... 부분을 누르시고 저장을 하셔야 합니다. 4. 이렇게 Name을 지정해주시고..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 알리익스프레스 에서 구매했습니다. http://www.aliexpress.com/ http://www.aliexpress.com/store/product/kz-New-DT3-3-5mm-In-ear-hifi-Earphone-High-Quality-Balanced-Sound-Headphone-Professional-Headset/1112149_2050280048.html 가격은 무려 10.35 달러에 배송비가 무료... ㄷㄷㄷㄷ 진짜 무료다. 해외직구용 마스터카드나 비자카드가 있으니, 네이버 영문주소 변환기 하나만 있으면 당장이라도 주문이 가능하다. 캬.. 3개를 주문하니 가격 할인까지? 배송비탓인가 ; 잘 모르겠다. 암튼 29.7달..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 서울대학교 음악대학 사진을 좀 찍어봤습니다. 화요일엔 특정 수업 덕분에 음대와 미대를 자주 지나치게 되어 이번 기회에 사진들 몇장 담아보고자 했습니다 ㅎㅎ. 저도 성악을 취미로 열심히 배우고 있어서 음대를 약간 동경(?) 하는 마음도 있구요 ㅎㅎ. 보건대건물 뒷쪽을 지나치니 미대와 음대 방향을 가르쳐주는 문구가 도로에 새겨져 있었습니다. 뒤에 표지판을 보니 앞에 보이는 건물은 예술관인듯 하네요. 부학장실 전자음악실 동양음악연구소(220동 401호) 서양음악연구소(220동 430호) 깊숙히 더 들어가봅니다 ㅎㅎ 좌우에 화단이 예쁘게 잘 꾸려져 있었는데 제가 사진을 놓친것 같네요.. 이건 왜찍었는진 모르겠지만.. 가는길에 철쭉이 예쁘..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 관악구청 뒷쪽에 일선경로당 공원 위에 산책로가 있습니다.날씨가 너무 좋아 운동 겸 산책하다가 발견한 곳인데, 지도에도 안나오는 이런곳이 있다니... 가방에 운좋게 카메라가 있어서 여러장 찍어봤습니다 ㅎㅎ. 화단이 정말 잘 가꾸어져 있습니다.형형색색 자기만의 빛을 내는 꽃들이 많아요. 온통 꽃에 포근한 풀들이 있어 누워서 떼굴떼굴 굴러보고 싶습니다 ㅎㅎ. 이건 화단쪽인데 누군가 제대로 관리를 안하고서는 이렇게 멋진 화단이 나올리가 없는데..아름답네요 약간 전체샷? 입니다. 이건 중턱에 나무다리가 있는데 너무 날씨가 밝고 제가 직사광선을 신경안쓰고 카메라를 눌러대는 바람에..아래 나무 다리가 거의 보이질 않네요 ㅎㅎ 산책하시는 분들도..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 이 글은 제가 공부하며 썼던 내용이라, 지금 보니 너무 허접해서새롭게 포스팅해봤습니다. Ridge, Lasso regularization을 공부하고 싶으신 분은 아래 링크를 보시길 추천드립니다.http://sosal.kr/1104 --------------------------------------------------------- 연구나 실험 등, 다양한 분야에 걸쳐서 '모형의 단순화'는 매우 중요하다. 간결함의 원리(principle of parsimony)는 어떤 실험 결과나 현상에 대해 설명할 수 있는 변수들이 많은 경우, 그것을 가장 잘 설명할 수 있는 변수는 결국 '간단한 설명' 혹은 '최소한의 설명'이 된다는 것이다...

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 노트북을 구매했습니다. 정말 큰맘먹고 질렀습니다 ㅋㅋㅋ. 삼성 노트북9 2015 edition 메탈 (풀 알루미늄), 측면 실버 라이닝 두께 11.8mm 30.9cm 컴팩트 사이즈 WQXGA, 광시야각 디스플레이 최신 인텔 PCU, SSD 탑재 무게는 무려 950g!! http://www.samsung.com/sec/consumer/it/notebook/notebook-9/NT930X2K-KY4 요즘은 워낙 컴퓨터가 다 성능이 괜찮아서 굳이 성능만 보기보다는 디자인, 그리고 '무게' 를 보게 되네요. 이전에 쓰던 컴퓨터는 무려 i-7에 메모리가 16기가나 됐었지만, 가볍게 노트처럼 들고다닐 수 있는 노트북을 사게 됐네요. 가방 한..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 옥션에서 4월 모바일축제? 로 뭔가 행사를 한다고 해서 봤더니, 모바일로 질레트 플렉스볼(?) 면도기 10000만명에게 어벤저스 코믹북, 4명한텐 어벤저스 면도기 피규어를 준다고 하네요 ㅋㅋ 어벤져스인지 어벤저스인지 아무튼.. 광고도 재밌습니다 ㅎㅎ. 재밌는 만큼 싸구려 아이탬판매는 아닌것 같고 가격을 보니 ㄷㄷㄷ 가격은 19,900원.. 나름 고급 면도기인듯 합니다. 구성품은 위와 같습니다. 면도기, 4개의 면도날, 면도크림, 그리고 코믹북(?)으로 구성되어 있습니다 ㅋㅋ. 한정판 코믹북은 영문이고, 질레트와 마블코믹스가 합작해서 제작한것으로, 이 면도기가 어떻게 태어났는지 비하인드 스토리가 들어가있다고 하네요 ㅋㅋ 선착순 20..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 카플란메이어 생존 분포는 샘플에서 사망이 발생함에 따라 누적되는 형태의 계단형태 생존곡선을 나타낸다. 생존분석에서의 반응변수 (종속변수)는 결국 해당 시간에 생존률이 얼마가 되는지를 나타낸다. 1. Kaplan meier 기본 함수 및 사용방법 - survival 패키지 다운로드 - 환자의 생존상태 식별하기 (surv 함수) - 시간에 따른 생존커브 구하기 (survfit) - Cumulative hazard 그래프 그리기 - 다중 생존곡선 그리기 2. 공개데이터 colon을 이용한 kaplan meier 생존분석 - colon 전체데이터의 생존곡선 구하기 - 성별에 따른 다중 생존곡선 구하기 - rx 치료법에 따른 다중 생존곡선..

Burrow-wheeler Transform (BWT) mississippi라는 문자열을 Burrow-wheeler Transform으로 변형시키는 과정은 다음과 같다. 1. 문자열 끝에 #을 추가시킨 후, n by n 테이블을 만든다. (n은 #을 포함한 문자열 길이) 2. 1칸씩 rotate 시킨다. rotate 시키는 방향은 우측이든 좌측이든 관계 없다. 모든 경우의수가 나오도록만 하면 된다. 이 matrix를 Conceptual matrix 𝑀𝑇 라고 한다. 3. roate 시킨 문자열들을 정렬한다. (정렬하는 과정에서 같아지기 때문에 rotate 방향은 상관이 없다.) 정렬된 각 서열의 우측에있는 문자들이 BWT의 결과 sequence이다. 따라서 mississippi#라는 문자열의 B-W tr..