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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Nature Methods지에 실린 논문입니다. NGS 이후에 3세대 Sequencer중에 하나인 MinION Nanopore sequencer로부터 얻은 데이터에 대해 정확한 sequencing을 위한 데이터분석 관련 논문입니다. MinION Nanopore sequencer는 위의 그림처럼 usb크기의 아주 작은 sequencer다. 기존의 NGS sequencer와 달리, 다량의 잘려진 sequence fragment를 읽어들이는 것이 아닌, 하나의 DNA strand 전체를 한번에 읽어들일 수 있다는 장점이 있다. 현재까지는 variant가 아주 많은 부위 [예를들면 면역관련이나 류마티스 관절렴 등등, variant가 아주..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Vehicle 객체에서 기본적인 동작을 미리 구현하여 Car, Truck, Motocycle 등의 class를 구현할 때, 이미 기본적인 뼈대가 구현 된 vehicle 객체를 상속받음으로써 지역변수, 함수 등의 리소스들를 재활용 할 수 있다. 마찬가지로 도형에서도 shape라는 뼈대 class 객체를 미리 구현해 둔다면 Rectangle, triangle, Circle 등을 구현할 때, 자료를 재활용 하므로써 편하게 프로그래밍 할 수 있다. - Shape class 기본적으로 width, height 2가지 변수를 float으로 입력 받아 데이터를 생성하는 생성자를 가진다. getWidth(), setWidth() 등의 gette..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Question 2 (20 points) recursion. We want to compress strings that have long sequences of equal characters. For example, we want to compress "bbbbaaa$$$$$$$$$$$$$$$$d" to "b4a3$16d1". In the compression, each sequence of equal characters is given by the character followed by the length of the sequence. Write function compress to do this. Use no loops; us..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ table = { 'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R'..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 미국은 mm/dd/yy 순서로 날짜를 표현합니다. 예를들어 2015년 06월 03일은 6/3/15 정도로 표현됩니다. 하지만 유럽은 dd/mm/yy 순서로 날짜를 표현합니다. 그리고 한자리 숫자의 경우 꼭 10의 자리에 0을 붙여줍니다. 2015년 06월 03일은 03/06/15 정도로 표현됩니다. python으로 미국형 날짜순서를 유럽형으로 바꾸는 코드입니다. ex1 ) Input: 6/3/15 output: 03/06/15 ex2 ) input: 01/29/13 output: 29/01/13 __author__= "sosal" def europeanize(date): days = date.split('/') # /으로 구분되어..

친구놈들이 문어치킨이 그렇게 맛있다며 저를 끌고 가는데.. 무슨 치킨이랑 문어가 어울리냐며 투덜대는 저를 강제로 집어놓고서는 일단 주문부터 들어갑니다 ㅋㅋ. 문어치킨 세트 하나랑 술을 시킨다는게, 아니 맥주도 아니고 무슨 소주를 시키네요 --; 뭐 요즘 과일소주가 핫하다고, 좋은데이 블루베리로 친구들이 달리잡니다 ㅋㅋ. 소주는 쓴맛에 먹는거라며 처음엔 이해를 못했는데, 정말 맥주보다도 쑥쑥 잘넘어가는 좋은데이 블루베리 덕에 치킨과 문어가 몇분 지나지 않아 동이나버리네요 ㅋㅋ.. 좋은데이 블루베리 말고도 유자, 석류도 있다던데 편의점에서 물량이 없어서 팔질 않으니 맛조차도 알지못하겠네요 ㅠㅠ. 그래서 좀 찾아봤더니 아니 요거시 부산에서 그렇게 난리가 났다던 좋은데이 신제품 !! 전 사실 소주라면 다 그냥 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 신촌 6번출구 앞 새롬문화센터에서 작은 클레식 공연이 있었어요. '소프라노 최유라' 분의 공연이었는데, 작은 홀에서의 무료공연이라 눈앞에서 성악가분의 멋진 노래를 들을 수 있는 엄청 좋은 기회였던것 같습니다 'CCM 가수 오한나' 진행자분이 정말 재밌게 이야기 거리를 만들어 주셔서 단순히 클레식 음악공연 뿐 만 아니라, '소프라노 최유라' 라는 분이 어떤 사람인지도 알 수 있었어요. 정말 너무 즐거웠습니다 ㅎㅎ 홍대 맛있는 커피 『홍금보가 볶아주는 금보커피』라고, 굉장히 유명한 바리스타분의 커피도 무료로 먹을 수 있었어요. 노래하시는 모습이 너무 아름답고 고우셨어요. 프로답게 엄청 어려운곡도 아주 듣기쉽게 소화하시더라구요. 재미있..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 옛날에 적은글이라.. bioconductor가 업데이트 되면서 사용법이 바꼈습니다.install만 아래로 해주세요~! if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("org.Hs.eg.db") if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("AnnotationDbi") ############# Ensembl ID 또는 Entrez ID를 알고 있..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ JAVA application에서 실행하는 예들 중 명령어 사이에 다음과 같은 옵션이 있는 경우가 있다. ex) $JAVA -Xmx1024m -jar $Programs/myProgram.jar O=result.dict -Xmx 라는 옵션은 'set maximum Java heap size' 힙사이즈의 최대를 결정해주는 옵션이다. 기본적으로 JAVA는 default 값으로 heap 메모리를 최대 64mb만큼 잡는다. 즉 64메가가 넘는 동적 변수를 가질 수 없다는 의미이다. 따라서 큰 데이터를 메모리에 올릴 때, -Xmx1024m 처럼 최대 1기가, 혹은 그 이상 잡을 수 있도록 설정해주어야 한다. ex) 다음은 Maximum ja..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 일반적으로 RNA-seq data는 DEG분석 (Differential expression analysis)를 하기에 앞서 정규화(normalization) 된다. RNASeq normalization은 다음의 이유로 사용된다. - 샘플간의 비교 - 유전자(Gene)의 비교 - 통계 모델을 RNASeq 데이터에 대해 사용하기 위해 RPKM:Reads (Fragments) Per Kilobase per Million(mappeD)은 샘플간, 혹은 샘플에서 유전자들간의 비교를 위해 고안되었다. (or paired-end equivalent FPKM) Mortazavi, Ali, et al. "Mapping and quantifying..