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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ - Graph data 그래프 데이터의 표현방식은 다양하다. 1. Adjacency matrix (인접행렬) # 데이터는 아무런 의미가 없는, 제가 마음대로 만든 matrix 입니다. ALK AMN DMRTA1 SOX2 PCDHA8 OR52A5 IQCB1 ALK 0 1 0 1 0 1 0 AMN 1 0 1 1 0 1 0 DMRTA1 0 1 0 0 0 0 0 SOX2 1 1 0 0 1 1 0 PCDHA8 0 0 0 1 0 1 0 OR52A5 1 1 0 1 1 0 1 IQCB1 0 0 0 0 0 1 0 인접행렬은 column, row의 구성이 같아야 하며 n by n matrix를 이룬다. 따라서 column, row에 있는 목록이 곧..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Append로 파일을 계속 쓰고있을 때, 추가되는 라인을 계속해서 동적으로 읽는 명령어는 tail에서 -f 옵션을 주면 된다. MANUAL -tail -f, --follow[={name|descriptor}] output appended data as the file grows; -f, --follow, and --follow=descriptor are equivalent Append 옵션으로 파일의 라인이 계속해서 커져가는 경우, 계속해서 따라 읽는 방법이다. ex) 터미널 2개를 동시에 실행하여 확인하는 모습 좌측 터미널은 >>, Double redirection을 이용하여 test라는 파일에 계속 append로 글을 동적으로..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Microsatellite에 대해서 공부하면서 Microsatellite instability라는 페이퍼를 해석해봤다. Schlötterer and Harr, 2001, C. Schlötterer, B. Harr Microsatellite Instability. Encyclopedia of Life Sciences Nature Publishing Group, London (2001) pp. 1–4 Microsatellite는 고등 생물의 유전체에서 아주 흔하게 발견되는 짧은 반복서열이다. Short tandem repeats(STRs), Simple sequence, Microsatellite 모두 함께 사용할 수 있는 용어이다...

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ PC카톡에서 자꾸 까똑~ 까똑~ 소리나는거 거슬리시죠? 카카오톡 인터페이스가 무척 편해서, 쉽게 소리를 끄고 킬 수 있습니다. 1. 카카오톡 알람 완전 종료 2. 특정 채팅방 알람 종료 3. 알람설정창을 이용하여 알람 설정하기 그럼 첫번째로, 카카오톡에서 아예 알림을 없애는 방법부터 설명해드리겠습니다. 1. 카카오톡 알람 완전 종료 카카오톡 우측상단에 종모양으로 아이콘이 있습니다. 해당 버튼을 눌러주시면 위 그림 우측아래처럼 off 종모양 그림이 뜨면서 더이상 알람이 들리지 않게됩니다 ^^ 2. 특정 채팅방 알람 종료 단체카톡방, 즉 단톡방에서 하루종일 알람이 울려서 짜증나시면 해당 채팅방만 알람을 종료하시면 됩니다. 간단하지요?..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ RNASeq (RNA seqeencing)은 Microarray의 정확도 및 Saturation 문제를 비롯하여 novel transcript, Alternative splicing case 등을 잡아낼 수 있는 장점이 있어서 최근 Transcriptome analysis에서 아주 많이 사용되고 있다. RNASeq 데이터를 생산해내는 플랫폼이 다양하지만, 어떤것을 써야 하느냐에 대한 답은 없다. 일반적으로 PubMed에서 비슷한 실험 및 연구에 사용된 데이터의 플랫폼을 따라가는 것이 쉬운 답이지만 실험의 디자인 및 실험 과정 또한 빠르게 바뀌고 있기 때문에, 따라가는 것 역시 항상 옳은 방법이 될 수 없다. 따라서 일반적인 실험디..

서울대학교 서점 교보문고 입구에 서울대 도서관 대출 Best 서적이 있네요. 인문서적도 좀 읽을 겸 간단하게 정리해봤습니다 ^^ 1. 에우리피데스 비극 에우리피데스 지음 | 천병희 옮김 | 단국대학교출판부 | 1999년 01월 15일 2. 총 균 쇠: 무기 병균 금속은 인류의 운명을 어떻게 바꿨는가? 재레드 다이아몬드 지음 | 김진준 옮김 | 문학사상 | 2005년 12월 19일 3. 소포클레스 비극 소포클레스 지음 | 천병희 옮김 | 단국대학교출판부 | 2007년 11월 15일 출간 4. 아이스퀼로스 비극 아이스퀼로스 지음 | 천병희 옮김 | 단국대학교출판부 | 1998년 10월 05일 출간 5. 정의란 무엇인가 마이클 샌델 지음 | 이창신 옮김 ..

녹두거리 사는 친구랑 간만에 만나서 곱창에 소주 한 잔! 신림은 순대로 유명한데 녹두는 그 정도 규모는 안 되지만 나름 곱창이 유명합니다 ㅎㅎ 1인분당 8-9000원대이고, 맛있어요 ㅎㅎ 다만 양은 삼년 전쯤 먹었을 때보다 꽤 줄었더라구요..ㅠㅠ 그리고 친구가 과일소주 먹고 싶대서 좋은데이 블루베리도 한잔 했습니다. 달콤하고 맛있습니다 ㅎㅎ 색은 일반 소주와 같이 무색투명입니다. 좋은데이 블루베리는 단맛 싫어하시는 분들이 아닌 이상 어느 안주와도 썩 잘 어울릴 것 같네요. 다만 술 자체가 달다보니 달콤한 안주와는 별로일 것 같습니다. 짠~!!

광고 아니고 진짜 후기임.. 대학로 팔색삼겹살, 너무 맛있게 먹었습니다. 연구실 바로 앞이라 사실 예전에 친구랑 한번 간 적 있었는데 이번에 울산에서 올라온 친구가 있어서 맛있는거 하나 사줄겸 고기집을 찾다가 결국 또오게 됐습니다. ㅎㅎ 입구는 이렇게 생겼고, 팔색한상 30,000원짜리로 먹었습니다. 대학로 1번출구에서 안으로 들어오면 바로 있어요! 바로앞에 쎌빠, 한신포차, BHC 치킨 등 쟁쟁한 음식점들도 굉장히 많습니다 ㅋㅋ. 8가지 맛의 삼겹살이 따로 담겨 나오는데, 양은 정확하게 기억이 안나네요. 한접시당 80g이라고 했나? (정확하지 않아요 ㅠㅠ) 사진을 대충 찍어서 무슨맛있는지 안보이는데, 아래 사진으로 된장 고추장 커리 허브 등등이 있네요. 삼겹살 하면 소주가 빠질 수 없죠. 최근 유행하는..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ TCGA Data Portal에서는 다양한 데이터를 제공한다. https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/ 웹사이트에서 직접 데이터를 받는것은 아무리 bulk download를 하더라도, 필요없는 데이터까지 한번에 받아야 하며 캔서 type마다 단순반복적인 행동을 해야하기 때문에 좋은 방법이 아닌 것 같다. 리눅스에서 wget으로 원하는 파일만 wildcard를 사용하여 다운받을 수 있기 때문에 FTP를 이용한다면 원하는 파일을 쉽고 빠르게 받을 수 있다. FTP Link - https://tcga-data.nci.nih.gov/tcgafiles/ftp_auth/distro_ftpusers/anonymous/t..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Springer 2005, Peter J. Park Methods of Microarray Data Analysis IV Gene Expression Data and Survival Analysis http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F0-387-23077-7_3 상당히 오래된 문서이지만, Microarray를 사용한 Survival analysis에서 다뤄지는 다양한 알고리즘과 문제점들이 소개된다. Gene expression을 이용한 survival analysis를 공부하면서 살짝 간출여서 정리해보려고 노력해봤다. ABSTRACT. Expression profiles와 Phenotypi..