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전체 글 805

haplotype과 GATK HaplotypeCaller

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Haplotype(일배체형)은 Haploid(반수체) + genotype(유전형) 이다. 유전학에서는 같은 염색체상에 있는 대립형질의 조합을 말한다. 또한 연관되어있는 SNP(Single Nucleotide Polymorphism) 집합을 의미하기도 한다. - https://ko.wikipedia.org/wiki/하플로타입 연관되어 있다는 건, 동일한 염색체 위에 가까이 존재하는 2개의 유전좌위는 함께 다음세대에 전달된다는 뜻이다. 다른 염색체이 있는 경우는 독립적으로 유전될 것이고, 한 염색체에서 매우 먼 위치에 존재하는 경우 유전자 재조합에 의해 함께 전달되지 않을 수 있다. htSNP: Haplotype-tagging SNP..

Mac windows 설치 - 선택한 디스크가 GTP 파티션 스타일 입니다.

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ imac에 mac OS가 설치가 안되어있어서, 윈도우를 바로 설치하려고 하였다. windows iso 파일과 ultraiso를 이용하여 bootable usb device를 만든 후, 아이맥 전원을 키면서 option (alt)를 누르고 있으면 windows 설치 부팅이 가능하다. 하지만, 맥 혹은 아이맥에서 기본으로 설치하게 되면, 다음과 같은 오류를 볼 수 있다. - 이 디스크에 windows를 설치할 수 없습니다. 선택한 디스크가 GPT 파티션 스타일입니다. 이 경우, shift + F10을 누르면 cmd(command) 화면을 띄워서 다음과 같은 명령어로 문제를 해결할 수 있다. 0. shift + F10 키로 cmd 창을..

mysql ERROR 145 (HY000): marked as crashed and should be repaired

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 운영하고 있는 홈페이지에서, 다른 디비들은 정상적으로 작동하지만, 한쪽 게시판이 출력이 되지 않고 있어서 mysql에서 직접 select로 데이터를 찍어보았다. ERROR 145 (HY000): Table './sosal/papers' is marked as crashed and should be repaired 영어지만, 아래 페이지에 매우 잘 정리 되어있다. http://stackoverflow.com/questions/4357270/php-is-marked-as-crashed-and-should-be-repaired 문제가 있는 특정 데이터베이스의 테이블에 crash가 일어났다면, 다음과 같이 명령어를 입력하면 된다. mys..

Web programing 2016.01.25

인천 하얏트 호텔 2인실 & 조식 뷔페

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 인천 하얏트 호텔 다녀왔습니다. 외국인 전용 카지노도 있네요. 호텔이 워낙 커서, 이곳 저곳 돌아다녀야 했는데 사진을 별로 못담았네요.. 집에 가기전에 찍은 그랜드 하얏트 호텔 입구입니다. 건물이 2개가 있는데, 그 사이 통로정도로 보시면 되겠습니다. 카페 옆에서.. 이 방울은 어떤 블로그에 들어가도 꼭 찍히는 사진이더라구요 ㅋㅋㅋ 아침 조식뷔페.. 주로 서양식이 많습니다. 반대편에는 소세지, 베이컨, 계란 등등 이것저것 많아요.. 조식뷔페 전경.. 분위기 참 좋죠? 방 내부사진입니다. 6층 2인실이었는데, 뷰도 정말 좋고 방도 깔끔하고 좋습니다. 가운도 참 고급이었어요. 체중계도 있고 ㅋㅋ. 2인실 방 참 깔끔하죠? 혼자 자는데..

Stigmatized./Outing 2016.01.18

Putty ssh에서 Linux 그림 띄우기 (X11)

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 윈도우 Putty ssh 클라이언트를 이용해서 리눅스에서 서버작업을 하고있다. 특히 R에서 graph를 그릴 때, 파일로 저장해서 그리곤 했는데, 별로 불편함을 못느껴서 파일로 저장하고 winSCP 같은 SFTP로 그림파일을 하나하나 다운받아서 확인해보고 했었다. 최근에 멍청한 방법이란걸 깨닫고 X11 포워딩을 검색하였더니 쉽게 해결방법을 찾을 수 있었다. 아래의 포스팅에서 대부분 가져온 내용입니다. http://ts.devbj.com/138 putty는 좀 불편해서 투명푸티로 유명한 iputty를 사용하고 있었는데, putty나 iputty나 모두 적용 가능한 방법이다. 사용하고 있는 Putty (혹은 iPutty)에서 x11 ..

TCGA Somatic mutation

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Cancer와 관련된 공개서열 데이터에서 가장 유명한 TCGA (The Cancer Genome Atlas)에서는 Somatic mutation data를 특정한 포맷으로 제공한다. - LINK https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/Mutation+Annotation+Format MAF (Mutation Annotation Format) 파일로서 제공된다. TCGA data portal에서 직접 검색하여 받을 수 있지만, MAF 파일은 https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+MAF+Files 에서 매우 쉽게 파일의 정보들과 데이터 파일의 링크를 찾아볼 수 있다. ..

암의 생물학 - The biology of CANCER

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 암의 생물학 - The biology of CANCER Robert A. Weinberg 컴퓨터공학 전공자로서, 생물정보학(Bioinformatics)를 전공하면서 생물에 관한 부족한 부분들을 채워줄 수 있는 좋은 책이었습니다. http://www.kyobobook.co.kr/product/detailViewKor.laf?ejkGb=KOR&mallGb=KOR&barcode=9788958811664&orderClick=LAG&Kc= 암의 분자뿐 아니라, 세포 생물학적 기본을 공부하고자 하는 학생들을 위한 『암의 생물학』. 문장을 최대한 정확하게 서술하여 암 생물학의 원리를 설득력 있게 정리하면서 중요한 정보를 풍부하게 담아냈다. 주..

Stigmatized./Essay 2015.12.26

종로 혜화 족발/보쌈 배달 - 돈가네왕족발보쌈

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 연구실에서 야식으로 시켜먹었어요. 종로/혜화/대학로 이쪽에 배달 시켜먹을게 딱히.. 없는 와중에 족발 생각나서 시켜봤습니다. http://map.naver.com/local/siteview.nhn?code=35523859 족발 또는 보쌈 小 19,000원 족발 또는 보쌈 中 21,000원 추천 족발 또는 보쌈 大 24,000원 족발 또는 보쌈 특大 29,000원 족발 더하기 보쌈 스페셜세트 小 30,000원 족발 더하기 보쌈 스페셜세트 中 40,000원 추천 족발 더하기 보쌈 스페셜세트 大 50,000원 족발 더하기 보쌈 스페셜세트 특大 60,000원 불족발 또는 냉채족발 小 19,000원 주문시-쟁반국수,계란찜,계절국물 0원 주..

Stigmatized./ETC. 2015.12.26

장편소설 - 지금 이 순간 [판타지 심리스릴러]

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 태어나서 블로그에 쓰는 첫 소설 후기입니다. ㅋㅋ 제가 전공책, 혹은 공부할때 빼고는 책을 읽는게 정말 드문데요.. 정신없이 하루만에 다 읽어버린 첫번째 소설입니다. 사실 별 생각 없이 서점에 놀러갔다가 제목이 맘에 들어서 (뮤지컬 지킬&하이드 곡, '지금 이 순간'이.. ㅋㅋ) 아무 생각없이 툭 집고 샀던 책인데요. 정신없이 살아가는 제 삶에 많은 여운을 주는 책입니다. 학업이란 핑계로 가족들에게 겨우 한달에 한번 전화하면 다행인.. 가족 말고도 친구들에게도 제가 먼저 연락하는 경우가 많지 않네요. 1년에 딱 하루만 살 수 있다면, 당신은 어떤 일을 하시겠습니까? 24방위 바람이 지나가고 나면 아무 것도 남지 않으리라. 소설의 ..

Stigmatized./Essay 2015.12.26
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