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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 이미지에서 원하는 도형에 해당되는 부분을 찾아, crop을 해보고자 한다.opencv 라이브러리를 사용할 것이다. 이 포스팅에서는 위의 사진에서 네모난 사진들을 crop해볼것이다.네모난 박스를 체크하고 해당 부분을 잘라 저장할 것이다. 1. python opencv library 설치 및 기타라이브러리 설치 python 버전을 확인한다. (3.6 버전) http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 사이트에 접속하여 버전에 맞는 opencv whl 파일을 다운받는다. 윈도우즈 64비트와 python 버전 3.6을 사용하고 있기 때문에opencv_python-3.2.0-cp36-cp36m-win_amd..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ glibc_2.16 not found error이 에러가 나면 항상 헤매다가다른 방법으로 어영부영 넘어가버렸다. 이번에 근데 정통으로 필요하게 생겼다 ;; 구글링 해보니 아래에 설명이 잘 나와있다. http://unix.stackexchange.com/questions/176489/how-to-update-glibc-to-2-14-in-centos-6-5 mkdir ~/glibc_install; cd ~/glibc_install wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.14.tar.gz tar zxvf glibc-2.14.tar.gz cd glibc-2.14 mkdir build cd build ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 윈도우 10에서 One drive는 기본으로 설치되어있는 클라우드 파일시스템 프로그램입니다. 그런데 One drive를 안쓰고, 심지어 프로그램을 삭제했는데도 파일 explorer, 탐색기에서 자꾸 옆에 뜹니다.이걸 삭제하는 방법은 다음과 같습니다. 1. 시작키 + R 을 눌러 실행을 시작.2. regedit 입력. (윈도우 10은 시작키를 누르고 regedit을 입력해도 됩니다.) 좌측 레지스트리 목록에서 ctrl + F 를 누르시면 찾기가 뜹니다. 018D5C66-4533-4307-9B53-224DE2ED1FE6위 텍스트를 복사해서 붙여넣어 찾아주시면 됩니다. 위 레지스트리를 검색하면 아래 2개의 value가 나옵니다.그 중,..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-016-0390-0 2015년 2월에 biorxiv.org에 이미 올라온 논문이지만, 최근 publish 되어 다시 자세히 보게 되었다.Table 1에서 Cancer driver gene detection tool에 관해 보기좋게 분류하여 보여주고 있다.

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 주요 회사의 이름과 컨셉만으로, 아이콘을 자동 생성해주는 사이트가 있다. 로고조이 (LogoJoy) 라는 사이트이다. 인공지능과 알고리즘을 통해, 사용자가 원하는 스타일과 비슷한 로고를 만들어준다고 홍보되어있지만, 사용해보면 머신러닝까지는 잘 모르겠고, 사용자가 원하는 주제를 선정해주면 그것에 맞는 굉장히 많은 템플릿을 조합하여 사용자에게 알려주는 정도인 듯 하다. 사이트 접속: http://logojoy.com/ 사이트에 접속하여 회원가입/로그인 후, MAKE YOUR LOGO 버튼을 누르면 바로 로고를 만들 수 있다. 내 아이디가 sosal인 만큼, 나도 로고를 한번 만들어 봤다. 설계가 완벽하지 않은 상태에서 디자이너까지 함..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://ccb.jhu.edu/software/centrifuge/manual.shtml Facebook korean bioinformatics에서 김대환 박사님께서 언급하신 프로그램.BLAST보다 3,000배 이상 빠른 Centrifuge라는 프로그램 (https://ccb.jhu.edu/software/centrifuge)도 있습니다.Centrifuge 웹사이트에서 NCBI nucleotide non-redundant sequences (nt)인덱스를 다운로드 받으셔서 사용하시면 될것 같습니다. 이 nt 인덱스는 viruses, archaea, bacteria, eukaryotes등의 genome sequence를 포함하..

세션 들으면서 정리했던건데.. 벌써 갔다온지 몇달이 훌쩍 지났다. 노트필기 하면서 무슨 생각을 했는지 사실 기억도 안나는데,이거 이러다가 잊어버릴 것 같아서 그냥 블로그에 흔적을 남겨본다. A survey of best practices for RNA-seq data analysis - Genome BiologyPerturbation biology nominates upstream–downstream drug combinations in RAF inhibitor resistant melanoma cellshttp://www.intogen.org : Cancer Drivers Database - 이거 내가 만드는 네트워크에서 한번 비교해보자http://CancerGenomeInterpreter.org/Ja..

Hadoop-Hive 연동 에러 hive에서 분명 show tables, show databases 등이 잘 동작하는데, Create table이 안되는 경우가 있다. hive> show tables;OKTime taken: 0.141 seconds 그런데 Create Table을 하면 자세한 에러사항 없이 아래와 같이 FAILED 에러가 뜬다. > CREATE TABLE TABLE_NAMES (ID STRING, SYMBOL STRING, GENE_NAME STRING) > ROW FORMAT DELIMITED FIELDS TERMINATED BY ',' > LINES TERMINATED BY '\n' > STORED AS TEXTFILE; FAILED: Execution Error, return co..

Molecular structure - // - > Properties (바로 Properties를 표현하긴 힘들다)Molecular structure -> Representation -> Description -> Modeling -> Properties. Description Global descriptorsBased on the whole molecule - LogP - Volume - surface aeas (polar, non-polar) - Dipole moment - Refractive index, etc. No problem with 3D alignmentNo information about favorable interactions Local descriptorsDescribes a par..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ MDS - Multi dimensional scaling PCA - principal component analysis MDS - Multi dimensional scaling 데이터 분석 관련 서적들에서는 '다차원척도법'으로 직역하는 것 같다. MDS 기법은 numeric 변수로만 이루어 졌을 때 사용이 가능하다. 자료들의 '비유사성' 거리를 바탕으로, 다중의 변수들을 2차원 혹은 3차원으로 낮추어 나타내는 기법이다. 낮은 차원에서의 자료들이 거리가 멀리 떨어져 위치한다는 것은 비유사성이 높다는 뜻이고, 자료가 가까울수록 비유사성이 낮다 (즉 유사성이 높다)는 뜻이 된다. MDS를 이용하여 데이터를 시각화 하는 방법의 가장 큰 ..