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Index는 다음과 같습니다. ARTIFICIAL INTELLIGENCE IN HEALTH CARE: THE HOPE, THE HYPE, THE PROMISE, THE PERIL OVERVIEW OF CURRENT ARTIFICIAL INTELLIGENCE HOW ARTIFICIAL INTELLIGENCE IS CHANGING HEALTH AND HEALTH CARE POTENTIAL TRADE-OFFS AND UNINTENDED CONSEQUENCES OF AI AI MODEL DEVELOPMENT AND VALIDATION DEPLOYING AI IN CLINICAL SETTINGS HEALTH CARE AI: LAW, REGULATION, AND POLICY ARTIFICIAL INTELLIGENC..

의학 연구에 있어서, 샘플의 정보는 환자 개인의 고유한 정보라고 할 수 있다. 따라서 개인의 자발적 동의 없이 데이터를 유통하는 것은 쉽지 않다. 분석가치가 높은 데이터일수록, 혹은 Sample에 대한 정보가 많을수록 정보의 민감성은 증가한다. 따라서 데이터를 활용하기 위해선 개인정보를 보호하는 단계는 필수적이다. 1. Definition of Attributes in Data Privacy 1) Identifiers: 식별자 (혹은 Key) 흔히 Database에서, entity (개체)를 구분할 수 있는 변수를 Key라고 부른다. 식별자는 의료데이터에서 각 샘플들을 독립적으로 구분할 수 있는 변수기 때문에, 필히 민감정보가 된다. 예를 들어 주민번호, 전화번호, 환자등록번호, 계좌번호, 영상의학이미지..

gsutil은 google sotrage를 다루기 위한 툴인데,GnomAD, 1000 genome 등등 공개 빅데이터를 다운받으려면 gsutil 이라는 툴을 사용해야 하는 경우가 많다. 프로그램에 대한 자세한 설명은 안나와있지만, 다운로드 속도가 빠른걸 보니아마 UDP 기반으로 만들어진 파일전송 시스템이 아닐까 싶다. ;; [sosal@cipher reference]$ uname -aLinux cipher.snubi.org 2.6.32-642.4.2.el6.x86_64 #1 SMP Tue Aug 23 19:58:13 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 리눅스에서 uname -a라고 치면, 64비트인지 32비트인지 알 수 있다.x86_64 이기 때문에, 64비트이며 아래..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://github.com/aleju/imgaug/blob/master/README.md 여러가지 이미지 Augmentation 기법들을 github에 어떤 분이 정리해주셨다.깃헙 사이트 들어가면 더 잘 나와 있겠지만.. 나중에 기억하기 위해 포스팅 하나 남겨놓는다.

http://www.liuzlab.org/TCGA2STAT/ https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/index.html TCGA2STAT: Simple TCGA Data Access for Integrated Statistical Analysis in R Automatically downloads and processes TCGA genomics and clinical data into a format convenient for statistical analyses in the R en environment. R을 이용해서 TCGA 데이터를 바로 불러올 수 있는 패키지. 2015. 11. 14. Wan, Ying-Wooi, Genevera I. Allen..

0. Input으로 사용할 Sequence data 준비. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/에서 아무거나... faa 확장자 파일 준비.모든 파일들을 하나로 합쳐서 sequences.faa 라는 파일로 완성.. # head sequences.faa 1. BLAST Linux executable 파일 다운로드URL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ NCBI에서, 소프트웨어 다운로드란에 들어가서 BLAST를 다운받는다. 2. wget으로 위의 blast x64-linux.tar.gz파일 다운로드. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe..

MRI: Magnetic Resonance Imaging. 자기공명영상 MRI는 신경학 및 신경외과에서 가장 일반적으로 사용되는 검사.뇌, 척수 및 혈관 해부학에 대한 세부 사항을 제공하며, 해부학을 시각화 할 수 있다는 이점이 있음. 가로면, 관상면, 시상면 (영문으로는 각 Axial, coronal, sagittal 으로 표현) 으로 해부학을 보여주며,절편 두께는 1~10 mm로 다양하다. 특히 MRI는 관상, 시상 (Coronal, Sagittal) 영상에 특히 좋다.가로면 (Axial) 영상은 CT가 우월하다고 한다. (그래서 MRI를 CT로 변환하는 논문들의 figure들은 주로 Axial을 나타낼까...? ) MRI Basic은 http://casemed.case.edu/clerkships/n..

매트랩은 무겁고, 용량도 커서 내 노트북에 설치하고 다니기가 힘들었다.모듈들 이것저것 받다보면 엄청나게 뿔어나는 용량.. 매트랩 초보자라 몰랐던것 같기도 한데, 온라인 버전으로 코딩하는 서비스가 있었다. https://matlab.mathworks.com/ MATLAB 라이센스만 있으면 바로 이용가능하다.분석하고자 하는 데이터, 혹은 이미지 업로드도 가능하다. Cloud Storage and Synchronization Full integration with MATLAB Drive gives you 5GB to store, access, and manage your files from anywhere with MATLAB Online. Use MATLAB Drive Connector to sync you..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 이미지에서 원하는 도형에 해당되는 부분을 찾아, crop을 해보고자 한다.opencv 라이브러리를 사용할 것이다. 이 포스팅에서는 위의 사진에서 네모난 사진들을 crop해볼것이다.네모난 박스를 체크하고 해당 부분을 잘라 저장할 것이다. 1. python opencv library 설치 및 기타라이브러리 설치 python 버전을 확인한다. (3.6 버전) http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 사이트에 접속하여 버전에 맞는 opencv whl 파일을 다운받는다. 윈도우즈 64비트와 python 버전 3.6을 사용하고 있기 때문에opencv_python-3.2.0-cp36-cp36m-win_amd..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ glibc_2.16 not found error이 에러가 나면 항상 헤매다가다른 방법으로 어영부영 넘어가버렸다. 이번에 근데 정통으로 필요하게 생겼다 ;; 구글링 해보니 아래에 설명이 잘 나와있다. http://unix.stackexchange.com/questions/176489/how-to-update-glibc-to-2-14-in-centos-6-5 mkdir ~/glibc_install; cd ~/glibc_install wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.14.tar.gz tar zxvf glibc-2.14.tar.gz cd glibc-2.14 mkdir build cd build ..