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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ imac에 mac OS가 설치가 안되어있어서, 윈도우를 바로 설치하려고 하였다. windows iso 파일과 ultraiso를 이용하여 bootable usb device를 만든 후, 아이맥 전원을 키면서 option (alt)를 누르고 있으면 windows 설치 부팅이 가능하다. 하지만, 맥 혹은 아이맥에서 기본으로 설치하게 되면, 다음과 같은 오류를 볼 수 있다. - 이 디스크에 windows를 설치할 수 없습니다. 선택한 디스크가 GPT 파티션 스타일입니다. 이 경우, shift + F10을 누르면 cmd(command) 화면을 띄워서 다음과 같은 명령어로 문제를 해결할 수 있다. 0. shift + F10 키로 cmd 창을..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 윈도우 Putty ssh 클라이언트를 이용해서 리눅스에서 서버작업을 하고있다. 특히 R에서 graph를 그릴 때, 파일로 저장해서 그리곤 했는데, 별로 불편함을 못느껴서 파일로 저장하고 winSCP 같은 SFTP로 그림파일을 하나하나 다운받아서 확인해보고 했었다. 최근에 멍청한 방법이란걸 깨닫고 X11 포워딩을 검색하였더니 쉽게 해결방법을 찾을 수 있었다. 아래의 포스팅에서 대부분 가져온 내용입니다. http://ts.devbj.com/138 putty는 좀 불편해서 투명푸티로 유명한 iputty를 사용하고 있었는데, putty나 iputty나 모두 적용 가능한 방법이다. 사용하고 있는 Putty (혹은 iPutty)에서 x11 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Cancer와 관련된 공개서열 데이터에서 가장 유명한 TCGA (The Cancer Genome Atlas)에서는 Somatic mutation data를 특정한 포맷으로 제공한다. - LINK https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/Mutation+Annotation+Format MAF (Mutation Annotation Format) 파일로서 제공된다. TCGA data portal에서 직접 검색하여 받을 수 있지만, MAF 파일은 https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+MAF+Files 에서 매우 쉽게 파일의 정보들과 데이터 파일의 링크를 찾아볼 수 있다. ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 남아있는 하드디스크가 있어서 데스크탑에 연결했습니다. 이렇게 메인보드에 있는 선과 그냥 단순히 연결만 해주면 끝입니다 ㅋㅋ. 햇빛이 쌔서 사진이 좀 못나왔네요.. 아래에 있는 하드디스크가 새로 추가한 하드입니다. 연결선이 부족하다면 'ATA 포트' 연결선 같은 키워드로 검색하시면 금방 메인보드와 연결할 수 있는 선을 찾으실 수 있으실거에요. 이렇게 새로운 하드디스크를 메인보드에 연결하고, 윈도우를 실행시켜보면.. 내컴퓨터에서 인식이 안되고 있죠. ㅠㅠ 왜냐하면 윈도우에 아무런 하드디스크 정보가 없기 때문에, mount 작업을 따로 거치셔야 합니다. 하지만 윈도우는 사용자 인터페이스가 굉장히 편리하기 때문에 디스크 관리를 통해 아주..

n개의 allele이 존재하는 locus에서 나타날 수 있는 유전형의 수 n -> nH2 (중복조합) 2 = 2+1 3 -> 3+2+1 4 = 4+3+2+1 n = n(n+1)/2 allele이 n개: homozygote: n개 : heterozygote: nC2 -> 따라서 유전형의 수는 n + n*(n-1)/2 = n(n+1)/2개 ex) 혈액형의 경우 Allele은 3개이다. 따라서 나타날 수 있는 유전형의 수는 6개다. -> AA, AB, AO, BB, BO, OO (하지만 dominant allele인 A, B에 의해서 표현형은 A, B, O 3가지만 나타나게 된다.) * Genotype Frequency AA:7 AO:27 BB:5 BO:22 AB:12 OO:27 allele, number, ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ * Mysql character set (Encoding) 보는법 mysql> show variables like 'c%'; 사용자 환경설정이 모두 latin으로 되어있다. * Table structure information 보는법 mysql> show create table member; 사용자 환경 character set 역시 latin1이고, 테이블의 charset 역시 latin1인데 막상 한글이 들어가있는 테이블의 내용을 select로 보면 글자는 다 깨진다. 그럴 경우 PuTTY의 Character set을 바꿔줘야 한글이 잘 보인다. Window - Translation 탭에서 Character-set을 ISO-8..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 통계 데이터는 다음과 같이 주어졌다고 가정해보자. 유방 X선 검사는 유방암을 진단하는 척도로 사용된다. 10명의 양성반응을 일으키는 여성에서는 1명이 실제로 유방암을 진단받았고, 10만명의 음성반응을 일으키는 여성에서 20명만이 유방암을 진단받았다. 우리는 모든 모집단 정보를 가지고 있기 때문에, 사전확률과 사후확률을 모두 쉽게 구할 수 있다. 사전 확률: 유방암을 진단받기 이전에 유방암을 가질 확률 = (1+20) / (1+20+9+99980) = 21/100010 = 0.000209979.. (즉 0.0209979%) 사후 확률: 유방암에 양성반응으로 진단받은 후에, 유방암을 가질 확률 = (1/9+1) = 1/10 = 0.1..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ http://snpeff.sourceforge.net/ Cingolani, Pablo, et al. "A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3." Fly 6.2 (2012): 80-92. variant의 position, allele 정보를 주면 얼마나 위험한지 HIGH / MODERATE / LOW 3가지로 분류해줍니다. (그 외 MODIFIER) A high impact..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Microarray로 분석을 하고있었다. chip type: HuGene-2_0-st로 작업을 하고 있기에, Affymetrix Power Tool (APT)를 사용하기 위해서는 cdf파일이 input으로 들어가는 상황이었다. - Affymetrix library 파일을 받을 수 있는곳 http://www.affymetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=hugene-1_0-st-v1 그러나 library 파일을 아무리 다운받아봐도 cdf파일이 없었다. bgp, cif, clf, grc, mps, pgf, ps, qcc, smd.. 뭐 이런파일들은 있는데.. 나와 비슷한 사람들이 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Schwaederlé, Maria, et al. "VEGF-A Expression Correlates with TP53 Mutations in Non–Small Cell Lung Cancer: Implications for Antiangiogenesis Therapy." Cancer research 75.7 (2015): 1187-1190. INTRODUCTION Bevacizumab은 항암제로서 종양에 있어서 많이 사용되는 약물이며 Vascular endothelial growth factor-A (VEGF-A)을 대상으로 한다. Carboplatin, paclitaxel과 결합된 치료법은 실제로 화학요법만 사용했을 때의 생존인..