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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 생물정보학 면접준비 겸 Sequencing의 역사에 대해서 좀 살펴보았다.구글링 도중에, 기본적인 시퀀싱과 NGS에 대한 리뷰가 포함된 국내논문이 있어서 가져왔다. bioinformatics의 새로운 기술-ngs의 현재 그리고 미래, 라는 제목으로간단한 시퀀싱의 역사와 각 시퀀싱 기술들로 만들어지는 데이터의 사용, 연구주제 등이 나와있어서이 분야에 대한 흥미와 기본적인 지식들을 알 수 있었다. 다운로드: http://me2.do/F7zuhYlG 시퀀싱의 세대 역사에 관한 본문의 내용을 그대로 인용해보면 다음과 같다. 1세대 Sequencing 기술은 DNA 합성 과정을 이용하여 염기서열을 밝혀낸 생거 방법을 기반으로 하였고 [2]..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Microarray 데이터 분석의 목표중 하나 Differentially expressed genes (DEG: 차별 발현 유전자) 대조군에 비해 실험군의 발현량이 유의하게 증가하거나 감소하는 유전자를 찾기 위한 방법이다. 각 유전자의 발현량을 나타내는 Microarray 데이터에서, 실제 발현량의 차이를 비교하기 위한 기법으로는 T-Test와 ANOVA가 있다. T-test[T검정]: t-검정은 두 집단 간 평균을 비교하는 통계분석 기법이다. 다시 말해 t-검정은 두 집단 간 평균 차이에 대한 통계적 유의성을 검증하는 방법이다. ANOVA[분산분석]: 분산분석은 두 개 이상 집단들의 평균을 비교하는 통계분석 기법이다. 다시 말해..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ TCGA 사이트에서 데이터를 받아봅시다. http://cancergenome.nih.gov/ 오른쪽 위의 Launch Data Portal 버튼을 누르셔서 Data download 탭에서 원하는 데이터를 받으시면 됩니다. R 프로그래밍과 예제로 위의 데이터를 이용하여 데이터 구조를 분석해보겠습니다. > setwd("D:/Analysis_data") # 데이터가 있는 경로로 R의 현재풀더 바꾸기 > dir() [1] "BRCA1_Methyl.txt" "Clinical.csv" "Expression.txt" [4] "Mutation.txt" "lecture03_code.txt" > cli mut met exp head(mut) Sam..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 1. FastA File format 및 포스팅 목적2. 시현 영상3. 프로그램 소개4. C# 소스 다운로드 1. FastA File format 및 포스팅 목적 대용량 FastA file에서 sequence name을 검색하여 실제 sequence를 찾는 프로그램을 만들어보았습니다.프로그램 테스트용으로 사용될 FastA data는 uscs gene browser에서 다운받을 수 있습니다. http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/multiz7way/alignments/file: knownCanonical.exonAA.fa.gz 06-Jun-2014 15:22 41M 해당파일의 크기는 약..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ BLOSUM: Blocks of aAmino acid substitution matrix 블로섬의 퍼센트 동일성 중에서, 흔히 60%의 동일성에 기반한 매트릭스를 많이 사용한다. 이것은 기존의 PAM(Point Accepted Mutation ) 매트릭스보다 성능이 더 좋다. 블로섬 60등은 아래와 같은 공식으로 만들어진다.B[i,j]= (1/λ)log {(P i,j)/(ƒi,ƒj)} 출처: http://en.wikipedia.org/wiki/File:BLOSUM62.gif 예전에 짜놨던 코돈테이블을 우연히 발견해서 올려봅니다.수치로 나와있는 그림은 많지만 이 테이블을 만드는건 여간 귀찮은게 아니죠 --; Sequence alig..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 메인사진 출처: http://www.turn.com/news/the-magic-of-machine-learning 0. 서론1. LIBSVM 다운받기2. 튜토리얼용 Dataset 다운받기3. C++ 프로젝트 생성하여 libsvm 사용하기3.1 Cross-validation으로 데이터 feature의 성능 측정하기3.2 Training으로 모델 만들기3.3 Model을 이용하여 test 데이터 판별하기 0. 서론libsvm은 supervised-machine learning으로, 학습용으로 주어진 데이터들로부터 모델을 만들고모델에 없는 데이터셋에 대해서 정답 (classification: 1 or 0)을 예측하는 도구중 하나입니다...

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ raw data를 읽어와 r=5, d=0.5를 이용하여 filtering 한 이후textBox1 텍스트박스에 result.Count 결과 출력해주는 프로그램 private void load_GEO_rawdata(){ List result = new List(); System.IO.StreamReader sr = new System.IO.StreamReader(@"C:\Users\bpark\Desktop\Gene_expression.csv"); while (sr.Peek() > -1) { string[] tokens = sr.ReadLine().Split(new string[] { ",", "8888" },StringSplitOpt..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Gene_expression.csvhttp://genome-www.stanford.edu/cellcycle/ Spellman et al., (1998) 에서 raw data - tab / Tab delimited data에서 다운로드 받았습니다.빈칸(blank or null )인 경우 8888로 미리 채워놓은 데이터이기 때문에,아래 소스를 그대로 사용하실 경우에는 수정을 해주셔야 합니다. #include#include#include#include#includeusing namespace std; #define TIME_POINTS 81#define MAX_VALUE 1#define MIN_VALUE 0double threshold..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 출처: http://www.wiley.com/college/boyer/0470003790/cutting_edge/shotgun_seq/shotgun.htm http://sosal.tistory.com/612Shotgun sequencing 이론에 대한 내용은 위 링크를 참조하세요. 예~전에 bioinformatics 경진대회에 참가하면서 구현했던 프로그램이었는데블로그에 공유해봅니다 ^^ #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #de..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 생명공학도 학생들이 세포를 분석할 때 많이 쓰는 프로그램이라고 합니다.저는 딱히 사용할일이 없지만 ; (오히려 이런 프로그램을 만들어야 하는 전공이지만 ^^:)나중에 사용할 일이 혹 있을것 같아서 제가 보기 위해 포스팅 해봅니다! ^^ 이 프로그램을 이용하여, 사진에 사람이 몇명이 있는지, 점이 몇개인지, 세포가 몇개인지 등등을 찾을 수 있습니다. 다운로드 및 설치http://rsbweb.nih.gov/ij/ 위 url에 들어가시면 download 메뉴에 os별로 설치프로그램을 받으실 수 있습니다.25메가 정도 크기로 매우 가벼운 프로그램이네요. Figure 1. 설치화면 설치도 그냥 Next > 버튼만 눌러주시면 됩니다. 매우 ..