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0. Input으로 사용할 Sequence data 준비. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/에서 아무거나... faa 확장자 파일 준비.모든 파일들을 하나로 합쳐서 sequences.faa 라는 파일로 완성.. # head sequences.faa 1. BLAST Linux executable 파일 다운로드URL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ NCBI에서, 소프트웨어 다운로드란에 들어가서 BLAST를 다운받는다. 2. wget으로 위의 blast x64-linux.tar.gz파일 다운로드. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-016-0390-0 2015년 2월에 biorxiv.org에 이미 올라온 논문이지만, 최근 publish 되어 다시 자세히 보게 되었다.Table 1에서 Cancer driver gene detection tool에 관해 보기좋게 분류하여 보여주고 있다.

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://ccb.jhu.edu/software/centrifuge/manual.shtml Facebook korean bioinformatics에서 김대환 박사님께서 언급하신 프로그램.BLAST보다 3,000배 이상 빠른 Centrifuge라는 프로그램 (https://ccb.jhu.edu/software/centrifuge)도 있습니다.Centrifuge 웹사이트에서 NCBI nucleotide non-redundant sequences (nt)인덱스를 다운로드 받으셔서 사용하시면 될것 같습니다. 이 nt 인덱스는 viruses, archaea, bacteria, eukaryotes등의 genome sequence를 포함하..

세션 들으면서 정리했던건데.. 벌써 갔다온지 몇달이 훌쩍 지났다. 노트필기 하면서 무슨 생각을 했는지 사실 기억도 안나는데,이거 이러다가 잊어버릴 것 같아서 그냥 블로그에 흔적을 남겨본다. A survey of best practices for RNA-seq data analysis - Genome BiologyPerturbation biology nominates upstream–downstream drug combinations in RAF inhibitor resistant melanoma cellshttp://www.intogen.org : Cancer Drivers Database - 이거 내가 만드는 네트워크에서 한번 비교해보자http://CancerGenomeInterpreter.org/Ja..

Molecular structure - // - > Properties (바로 Properties를 표현하긴 힘들다)Molecular structure -> Representation -> Description -> Modeling -> Properties. Description Global descriptorsBased on the whole molecule - LogP - Volume - surface aeas (polar, non-polar) - Dipole moment - Refractive index, etc. No problem with 3D alignmentNo information about favorable interactions Local descriptorsDescribes a par..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ MDS - Multi dimensional scaling PCA - principal component analysis MDS - Multi dimensional scaling 데이터 분석 관련 서적들에서는 '다차원척도법'으로 직역하는 것 같다. MDS 기법은 numeric 변수로만 이루어 졌을 때 사용이 가능하다. 자료들의 '비유사성' 거리를 바탕으로, 다중의 변수들을 2차원 혹은 3차원으로 낮추어 나타내는 기법이다. 낮은 차원에서의 자료들이 거리가 멀리 떨어져 위치한다는 것은 비유사성이 높다는 뜻이고, 자료가 가까울수록 비유사성이 낮다 (즉 유사성이 높다)는 뜻이 된다. MDS를 이용하여 데이터를 시각화 하는 방법의 가장 큰 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 전이(Metastasis)의 위키피디아 정의는 다음과 같다. 전이 - Metastasis 암세포 따위가 옮겨다니는 일이다. 전이 능력이 없는 종양을 양성 종양이라고 하여 전이 능력의 존재 여부는 암과 양성 종양을 구분하는 기준이 된다. https://ko.wikipedia.org/wiki/%EC%A0%84%EC%9D%B4_(%EC%9D%98%ED%95%99) primary tumor은 실제로 암이 발생한 위치의 종양을 말한다. 사전상으로 한국어로 '원발성 종양' 로 불리는 것 같다. 암에 의한 죽음은 대부분 Primary tumor보다 metastasis가 사망의 주요한 원인이 된다. (약 90%) 전이는 Primary tumor..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ GWAS Catalog 데이터를 보고있던 중, 어떤 강의자료를 만들면서 Obesity와 association이 있는 variant를 찾아보고자 하였다. Gene 단위로, 어떤 유전자가 Obesity와 연관성이 있느냐, 유전자를 count 하던 와중 하나의 GWAS loci variant(rsID)에서 2개의 유전자가 annotation이 되는 경우가 있었다. DISEASE.TRAIT MAPPED_GENE SNPS 1749 Obesity (extreme) OXNAD1, RFTN1 rs12635698 OXNAD1, RFTN1 각기 다른 유전자가 어떻게 동일한 rsID에 annotation이 될 수 있을까? 고민하다가 유전자의 over..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Park, Sunho, et al. "An integrative somatic mutation analysis to identify pathways linked with survival outcomes across 19 cancer types." Bioinformatics 32.11 (2016): 1643-1651. Bioinformatics 저널에 나온 figure 3번 결과를 보면서, Log-Rank p-value가 유의하게 나온 것을 보면서 이렇게 그룹이 많은데 log-rank test는 당연히 유의하게 나오는 것이 아닐까? 라는 생각을 해봤다. 이 그래프에 대한 설명은 다음과 같다. Cancer-type-specific a..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://www.biostars.org/p/100123/ 바이오스타를 뒤적이다가 'Separate enrichment analysis of pathways for up- and downregulated genes' 라는 제목의 글을 봤다. Hong, Guini, et al. "Separate enrichment analysis of pathways for up-and downregulated genes." Journal of The Royal Society Interface 11.92 (2014): 20130950. 보통 Gene ontology analysis (혹은 GO analysis)를 할 때, Upregulated ..