Major Study./Bioinformatics 69

Molecular description in chemical informatics

Molecular structure - // - > Properties (바로 Properties를 표현하긴 힘들다)Molecular structure -> Representation -> Description -> Modeling -> Properties. Description Global descriptorsBased on the whole molecule - LogP - Volume - surface aeas (polar, non-polar) - Dipole moment - Refractive index, etc. No problem with 3D alignmentNo information about favorable interactions Local descriptorsDescribes a par..

MDS (Multi dimensional scaling)와 PCA 알고리즘

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ MDS - Multi dimensional scaling PCA - principal component analysis MDS - Multi dimensional scaling 데이터 분석 관련 서적들에서는 '다차원척도법'으로 직역하는 것 같다. MDS 기법은 numeric 변수로만 이루어 졌을 때 사용이 가능하다. 자료들의 '비유사성' 거리를 바탕으로, 다중의 변수들을 2차원 혹은 3차원으로 낮추어 나타내는 기법이다. 낮은 차원에서의 자료들이 거리가 멀리 떨어져 위치한다는 것은 비유사성이 높다는 뜻이고, 자료가 가까울수록 비유사성이 낮다 (즉 유사성이 높다)는 뜻이 된다. MDS를 이용하여 데이터를 시각화 하는 방법의 가장 큰 ..

EMT - 상피간엽이행 (Epithelial to Mesenchymal Transition)

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 전이(Metastasis)의 위키피디아 정의는 다음과 같다. 전이 - Metastasis 암세포 따위가 옮겨다니는 일이다. 전이 능력이 없는 종양을 양성 종양이라고 하여 전이 능력의 존재 여부는 암과 양성 종양을 구분하는 기준이 된다. https://ko.wikipedia.org/wiki/%EC%A0%84%EC%9D%B4_(%EC%9D%98%ED%95%99) primary tumor은 실제로 암이 발생한 위치의 종양을 말한다. 사전상으로 한국어로 '원발성 종양' 로 불리는 것 같다. 암에 의한 죽음은 대부분 Primary tumor보다 metastasis가 사망의 주요한 원인이 된다. (약 90%) 전이는 Primary tumor..

하나의 variant rsID에 여러 유전자가 annotation

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ GWAS Catalog 데이터를 보고있던 중, 어떤 강의자료를 만들면서 Obesity와 association이 있는 variant를 찾아보고자 하였다. Gene 단위로, 어떤 유전자가 Obesity와 연관성이 있느냐, 유전자를 count 하던 와중 하나의 GWAS loci variant(rsID)에서 2개의 유전자가 annotation이 되는 경우가 있었다. DISEASE.TRAIT MAPPED_GENE SNPS 1749 Obesity (extreme) OXNAD1, RFTN1 rs12635698 OXNAD1, RFTN1 각기 다른 유전자가 어떻게 동일한 rsID에 annotation이 될 수 있을까? 고민하다가 유전자의 over..

logRank Survival 분석에서 그룹의 수와 pvalue

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Park, Sunho, et al. "An integrative somatic mutation analysis to identify pathways linked with survival outcomes across 19 cancer types." Bioinformatics 32.11 (2016): 1643-1651. Bioinformatics 저널에 나온 figure 3번 결과를 보면서, Log-Rank p-value가 유의하게 나온 것을 보면서 이렇게 그룹이 많은데 log-rank test는 당연히 유의하게 나오는 것이 아닐까? 라는 생각을 해봤다. 이 그래프에 대한 설명은 다음과 같다. Cancer-type-specific a..

Up regulated / Down regulated gene expression

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://www.biostars.org/p/100123/ 바이오스타를 뒤적이다가 'Separate enrichment analysis of pathways for up- and downregulated genes' 라는 제목의 글을 봤다. Hong, Guini, et al. "Separate enrichment analysis of pathways for up-and downregulated genes." Journal of The Royal Society Interface 11.92 (2014): 20130950. 보통 Gene ontology analysis (혹은 GO analysis)를 할 때, Upregulated ..

고전적인 Bioinformatics 서적들

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 영어 원서 서적 Bioinformatics은 2004년, 번역된 책 '생물정보학' 은 2003년도 출판된 서적이다. (맨 위의 빨간 책과 원저자가 같은걸로 봐선 다른판본의 번역본인듯) 어릴적부터 책을 가지는걸 그렇게 좋아했는데, 아무튼 약 13년이 지난 책들의 contents를 보니 정말 격세지감이란걸 느낀다. 가지고있는 책의 주요 컨텐츠는 Sequence alignment다. 추가적으로 BLAST, FASTA 같은 Sequence similarity를 평가하는 알고리즘에 대한 내용과 유전자 서열, Structure, Phylogenetic prediction 등의 내용이 있다. 재미있는건 위의 셋 서적 모두, Microarray..

Tumor suppressor gene, database TSGene

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Tumor suppressor gene (TSG) 은 말그대로 세포가 종양으로 발전하는걸 막는 유전자다. 암환자 유전체에서 이 유전자에 대한 Loss of Heterozygosity (LOG) 혹은 Loss of function mutation이 일어나는 경우가 많다. 대표적으로 TP53이라는 유전자가 있다. http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TP53 Alias 중에, Tumor Suppressor P53이라는 이름이 있을 정도로 대표적인 Tumor suppressor gene중 하나이다. 개인적으로 TCGA의 Colon Adenocarcinoma환자 205명의 somatic..

Pharmacology 기본지식 정리

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 대부분 약물의 작용은 세포 수준에서 설명되지만, 그 효과는 기관 또는 기관계에서 관찰할 수 있다. 따라서 약물 작용을 정확하게 이해하기 위해서는 세포수준에서 약물과의 반응에서부터, 기관 및 기관계에 미치는 효과까지의 과정을 연결시켜 생각할 수 있어야 한다. 베타 차단제(Beta-blockers) 중, Metoprolol라는 약물을 예로 들면 다음과 같다. Metoprolol is a cardioselective β1-adrenergic blocking agent used for acute myocardial infarction (MI), heart failure, angina pectoris and mild to moderate ..