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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Park, Sunho, et al. "An integrative somatic mutation analysis to identify pathways linked with survival outcomes across 19 cancer types." Bioinformatics 32.11 (2016): 1643-1651. Bioinformatics 저널에 나온 figure 3번 결과를 보면서, Log-Rank p-value가 유의하게 나온 것을 보면서 이렇게 그룹이 많은데 log-rank test는 당연히 유의하게 나오는 것이 아닐까? 라는 생각을 해봤다. 이 그래프에 대한 설명은 다음과 같다. Cancer-type-specific a..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://www.biostars.org/p/100123/ 바이오스타를 뒤적이다가 'Separate enrichment analysis of pathways for up- and downregulated genes' 라는 제목의 글을 봤다. Hong, Guini, et al. "Separate enrichment analysis of pathways for up-and downregulated genes." Journal of The Royal Society Interface 11.92 (2014): 20130950. 보통 Gene ontology analysis (혹은 GO analysis)를 할 때, Upregulated ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 영어 원서 서적 Bioinformatics은 2004년, 번역된 책 '생물정보학' 은 2003년도 출판된 서적이다. (맨 위의 빨간 책과 원저자가 같은걸로 봐선 다른판본의 번역본인듯) 어릴적부터 책을 가지는걸 그렇게 좋아했는데, 아무튼 약 13년이 지난 책들의 contents를 보니 정말 격세지감이란걸 느낀다. 가지고있는 책의 주요 컨텐츠는 Sequence alignment다. 추가적으로 BLAST, FASTA 같은 Sequence similarity를 평가하는 알고리즘에 대한 내용과 유전자 서열, Structure, Phylogenetic prediction 등의 내용이 있다. 재미있는건 위의 셋 서적 모두, Microarray..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Tumor suppressor gene (TSG) 은 말그대로 세포가 종양으로 발전하는걸 막는 유전자다. 암환자 유전체에서 이 유전자에 대한 Loss of Heterozygosity (LOG) 혹은 Loss of function mutation이 일어나는 경우가 많다. 대표적으로 TP53이라는 유전자가 있다. http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TP53 Alias 중에, Tumor Suppressor P53이라는 이름이 있을 정도로 대표적인 Tumor suppressor gene중 하나이다. 개인적으로 TCGA의 Colon Adenocarcinoma환자 205명의 somatic..

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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 대부분 약물의 작용은 세포 수준에서 설명되지만, 그 효과는 기관 또는 기관계에서 관찰할 수 있다. 따라서 약물 작용을 정확하게 이해하기 위해서는 세포수준에서 약물과의 반응에서부터, 기관 및 기관계에 미치는 효과까지의 과정을 연결시켜 생각할 수 있어야 한다. 베타 차단제(Beta-blockers) 중, Metoprolol라는 약물을 예로 들면 다음과 같다. Metoprolol is a cardioselective β1-adrenergic blocking agent used for acute myocardial infarction (MI), heart failure, angina pectoris and mild to moderate ..

Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) - to conduct a detailed genetic and pharmacologic characterization of a large panel of human cancer models to develop integrated computational analyses that link distinct pharmacologic vulnerabilities to genomic patterns and to translate cell line integrative genomics into cancer patient stratification. The CCLE provides public access to genomic data, analysi..

Genomics of Drug Sensitivity in Cancer The Genomics of Drug Sensitivity in Cancer project is an academic research program to identify molecular features of cancers that predict response to anti-cancer drugs. Figure 1. 3 Main datas Please be aware that our website and results are part of an ongoing project. These webpages are updated frequently and our results are not final or complete. 1. Compou..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 새로운 연구를 진행할 때, 제안서를 쓸 때, 잘 모르는 분야에 대해 동양을 살펴볼 때 리뷰논문은 큰 도움이 됩니다. BRIC 에서는 주요 리뷰논문들을 한국어로 번역하여 공개하고 있습니다. http://www.ibric.org/myboard/list.php?Board=report&PARA9=3 2014.06.10 그래핀과 산화그래핀을 이용한 생의학적 응용 김현우 (POSTECH) Acc. Chem. Res. 2013; 46(10): 2211–2224 위의 리뷰를 시작으로, 2014년부터 지금까지 총 55건의 리뷰논문들이 번역되어 올라왔습니다. 영문 리뷰논문을 해석하는데 시간이 좀 걸려서 힘들게 읽었었는데, 제가 필요한 리뷰 논문이 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 맨 처음에 인덱싱하는것이 좀 오래걸리는데, 빌드 한번 해놓으면, 그 뒤로는 일반적인 랩탑에서도 RNA-seq 정량하는데 10분컷이 나온다고 합니다.. Each simulation was processed on average in less than 7.5 min on a single core. The total runtime for kallisto on the simulated data was 11.47 -Software https://pachterlab.github.io/kallisto/ http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3519.html