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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ raw data를 읽어와 r=5, d=0.5를 이용하여 filtering 한 이후textBox1 텍스트박스에 result.Count 결과 출력해주는 프로그램 private void load_GEO_rawdata(){ List result = new List(); System.IO.StreamReader sr = new System.IO.StreamReader(@"C:\Users\bpark\Desktop\Gene_expression.csv"); while (sr.Peek() > -1) { string[] tokens = sr.ReadLine().Split(new string[] { ",", "8888" },StringSplitOpt..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Gene_expression.csvhttp://genome-www.stanford.edu/cellcycle/ Spellman et al., (1998) 에서 raw data - tab / Tab delimited data에서 다운로드 받았습니다.빈칸(blank or null )인 경우 8888로 미리 채워놓은 데이터이기 때문에,아래 소스를 그대로 사용하실 경우에는 수정을 해주셔야 합니다. #include#include#include#include#includeusing namespace std; #define TIME_POINTS 81#define MAX_VALUE 1#define MIN_VALUE 0double threshold..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 출처: http://www.wiley.com/college/boyer/0470003790/cutting_edge/shotgun_seq/shotgun.htm http://sosal.tistory.com/612Shotgun sequencing 이론에 대한 내용은 위 링크를 참조하세요. 예~전에 bioinformatics 경진대회에 참가하면서 구현했던 프로그램이었는데블로그에 공유해봅니다 ^^ #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #include #de..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 생명공학도 학생들이 세포를 분석할 때 많이 쓰는 프로그램이라고 합니다.저는 딱히 사용할일이 없지만 ; (오히려 이런 프로그램을 만들어야 하는 전공이지만 ^^:)나중에 사용할 일이 혹 있을것 같아서 제가 보기 위해 포스팅 해봅니다! ^^ 이 프로그램을 이용하여, 사진에 사람이 몇명이 있는지, 점이 몇개인지, 세포가 몇개인지 등등을 찾을 수 있습니다. 다운로드 및 설치http://rsbweb.nih.gov/ij/ 위 url에 들어가시면 download 메뉴에 os별로 설치프로그램을 받으실 수 있습니다.25메가 정도 크기로 매우 가벼운 프로그램이네요. Figure 1. 설치화면 설치도 그냥 Next > 버튼만 눌러주시면 됩니다. 매우 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Gibbs sampling 1. Multiple alignment2. Gibbs sampling3. Motif란?4. Gibbs sampling의 동작5. Gibbs sampling의 실제 구현 (C++ programming)6. 프로그램 실행 결과 1. Multiple alignment DNA alignment는 DNA들을 정렬하여 비슷한 인자들을 찾아 유전학적으로 유용한 DNA서열을 뽑아내는 작업중 하나인데, 진핵생물의 특성상 유전자들 사이에서도 반복 DNA서열이 존재하기 때문에 분자생물학에서 많은 DNA들을 정렬하는건 큰 의미가 있는 작업입니다. DNA alignment는 각각의 N1, N2 갯수만큼 유전자 정보(A,C,G,..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Bioinformatics. 단일염기 다형성 (SNP) 의 정의? SNP(Single Nucleotide Polymorphism): 단일 염기 다형성. DNA sequence에서 각 염기에 나타나는 일반적인 돌연변이로, 유전체에서 인종, 개인차, 질병 등을 가져오게 되는 부분입니다. DNA 염기순서가 개체 사이에서 500 ~ 1,000개 염기 당 1개 정도 나타나며, 이런 미세한 차이에 의해 유전자의 기능이 달라질 수 있습니다. 이런 것들이 유전적인 개인차를 알아내는 유력한 단서가 되며, 인간의 개놈에는 약 300만개의 SNP가 존재한다고 합니다. RFLP(Restriction fragment length polymorphism)..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ KAIST 바이오 뇌공학과에서 주최한 제 1회 전국 대학생 바이오 컴퓨팅 대회 본선에서 우수상을 수상했습니다.

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Using codon (3 nucleic acid of DNA), it returns 1 Amino acids. DNA 염기서열을 이용하여 최종 만들어질 Protein을 구하는 프로그램을 만들 때 구현해봤던 함수입니다. parameter is string which consists of 3 char of base.ex). AGC, TAT... 파라미터로 들어오는 input은 3개의 문자열입니다.예) AGC, TAT char translation(string input){ char RET; switch(input[0]){ case 'A': switch(input[1]){ case 'A'://AA switch(input[2]){ ca..

제 1회 전국 대학생 Biocomputing 경진대회분류 생물학관련 모든 분야주관 한국생물정보시스템생물학회 (KSBSB)날짜 2011.10.01장소 KAIST 정문술 빌딩교육비 무료문의처seokjongyu@gmail.comURL http://biosoft.kisti.re.kr/bcc2011첨부파일 1 BCC2011_Poster.jpg (626.12 KB)경진대회 목적생물정보분석에대한 공지된 문제를 관련 소프트웨어를 활용하여 해결함으로써 융합연구에 대한 인식을 재고하며, 대학생들의 성취의욕 고취하고자 함.경진대회 내용주어진 바이오.의료.헬스 분야의 컴퓨팅 문제해결 예선: 문제해결 제안서 평가를 통해 본선 진출팀 결정 본선: 자신이 개발한 방법을 사용하여 대회 당일 경진대회일정경진대회 문제 공지 : 2011..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Bioinformatics. 생물정보학 수업을 들으면서 가장 재미있었던 sequence alignment 관련 내용입니다. 1. Global alignment vs Local alignment 서열분석의 목적은 관심 있는 서열의 유사점과 차이점을 분석하여 염기와 아미노산 수준에서 서열간의 구조적 기능적 및 진화론적 관련성을 추론하려는 것입니다. Figure 1.1 Dynamic programming(DP) : 두 개의 염기서열에 대해서 정렬하기 위해 사용되는 알고리즘. 이러한 방법은 두 개의 서열 사이에서 Optimal aliment를 구해줍니다. Optimal alignment는 두 개의 sequence에 대해서 matched,..