Image J를 이용하여 이미지 피크점 분석하기

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 * http://sosal.kr/

 * made by so_Sal

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생명공학도 학생들이 세포를 분석할 때 많이 쓰는 프로그램이라고 합니다.

저는 딱히 사용할일이 없지만 ; (오히려 이런 프로그램을 만들어야 하는 전공이지만 ^^:)

나중에 사용할 일이 혹 있을것 같아서 제가 보기 위해 포스팅 해봅니다! ^^

 

이 프로그램을 이용하여, 사진에 사람이 몇명이 있는지, 점이 몇개인지, 세포가 몇개인지 등등을 찾을 수 있습니다.

 

다운로드 및 설치

http://rsbweb.nih.gov/ij/

 

위 url에 들어가시면 download 메뉴에 os별로 설치프로그램을 받으실 수 있습니다.

25메가 정도 크기로 매우 가벼운 프로그램이네요.

 

Figure 1. 설치화면

 

설치도 그냥 Next > 버튼만 눌러주시면 됩니다. 매우 간단해요 

 

설치 후 실행하시면 아래와 같이 매우 심플한 인터페이스를 볼 수 있습니다.

 

Figure 2 설치 후 실행한 프로그램 

 

 

 

 

보통 생명공학도들이 세포배양 후에 얼마나 많은 세포들이 있는지 분석하기 위해 사용한다고 하네요.

포털에서 검색해보니 태양의 흑점 분석, 이중슬릿 레이저 파장분석 등등 재미난 실험 분석을 하고 계신분들도 계시네요.

 

멀티미디어 관련 전공수업에서 이런경우 길거리에 나온 사람의 수를 세는 예제를 본적이 있어서

아래 광우병 파동시기의 사진자료를 사용해보려 합니다.

 

Figure 3.1 예제 이미지

 

 

File -> open 으로 이미지를 불러옵니다.

Figure 3.2 분석할 이미지 불러오기

 

Figure 3.3 불러온 이미지

 

 

그럼 이미지를 분석하기 위해서 Threshold를 해봅시다.

Threshold는 '문턱' '문지방' 혹은 '한계점'이란 뜻으로

촛불의 수를 세기 위해 촛불색 이외의 필요없는 색은 모두 버리는 작업을 뜻합니다.

 

사실 필요없는 '색'을 지운다는 말은 정확한말은 아닙니다만..

왜냐하면 이런작업은 보통 RGB보단 HSB 기반으로 이미지를 분석하거든요.

 

* HSB: http://terms.naver.com/entry.nhn?cid=391&docId=862591&mobile&categoryId=391

 -> 색상(hue), 채도(saturation), 명도(brightness) 를 기반으로 하는 이미지 모델

* RGB: reg, green, blue

 

 

Figure 3.4 Threshold 메뉴 불러오기

 

 

Figure 3.5 Threshold 사용 화면

 

Hue, Saturation, Brightness 조절에 따라 이미지 속의 분석하고자 하는 대상을 추려낼 수 있습니다.

이미지가 매우 복잡하거나 하면 찾기가 매우 까다롭겠죠.

 

Threshold된 이미지를 분석해봅시다.

 

Figure 3.6 Analyze Particles

 

 

Figure 3.7 Analyze Particles2

 

 

Figure 3.8 Result

 

2609개의 촛불을 찾았다고 해야할까요?

1-3 pixel size로 분석을 했는데 과연 이게 실제 촛불의 수와 비슷한 결과인지는 잘 모르겠네요

 

제가 잘못 사용한 부분이 있다면 지적해주시면 감사하겠습니다.

특히 좋은 플러그인들이 많은것 같던데, 알게되면 관련글로 계속 포스팅 하겠습니다.