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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Gibbs sampling 1. Multiple alignment2. Gibbs sampling3. Motif란?4. Gibbs sampling의 동작5. Gibbs sampling의 실제 구현 (C++ programming)6. 프로그램 실행 결과 1. Multiple alignment DNA alignment는 DNA들을 정렬하여 비슷한 인자들을 찾아 유전학적으로 유용한 DNA서열을 뽑아내는 작업중 하나인데, 진핵생물의 특성상 유전자들 사이에서도 반복 DNA서열이 존재하기 때문에 분자생물학에서 많은 DNA들을 정렬하는건 큰 의미가 있는 작업입니다. DNA alignment는 각각의 N1, N2 갯수만큼 유전자 정보(A,C,G,..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Bioinformatics. 단일염기 다형성 (SNP) 의 정의? SNP(Single Nucleotide Polymorphism): 단일 염기 다형성. DNA sequence에서 각 염기에 나타나는 일반적인 돌연변이로, 유전체에서 인종, 개인차, 질병 등을 가져오게 되는 부분입니다. DNA 염기순서가 개체 사이에서 500 ~ 1,000개 염기 당 1개 정도 나타나며, 이런 미세한 차이에 의해 유전자의 기능이 달라질 수 있습니다. 이런 것들이 유전적인 개인차를 알아내는 유력한 단서가 되며, 인간의 개놈에는 약 300만개의 SNP가 존재한다고 합니다. RFLP(Restriction fragment length polymorphism)..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ KAIST 바이오 뇌공학과에서 주최한 제 1회 전국 대학생 바이오 컴퓨팅 대회 본선에서 우수상을 수상했습니다.

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Using codon (3 nucleic acid of DNA), it returns 1 Amino acids. DNA 염기서열을 이용하여 최종 만들어질 Protein을 구하는 프로그램을 만들 때 구현해봤던 함수입니다. parameter is string which consists of 3 char of base.ex). AGC, TAT... 파라미터로 들어오는 input은 3개의 문자열입니다.예) AGC, TAT char translation(string input){ char RET; switch(input[0]){ case 'A': switch(input[1]){ case 'A'://AA switch(input[2]){ ca..

제 1회 전국 대학생 Biocomputing 경진대회분류 생물학관련 모든 분야주관 한국생물정보시스템생물학회 (KSBSB)날짜 2011.10.01장소 KAIST 정문술 빌딩교육비 무료문의처seokjongyu@gmail.comURL http://biosoft.kisti.re.kr/bcc2011첨부파일 1 BCC2011_Poster.jpg (626.12 KB)경진대회 목적생물정보분석에대한 공지된 문제를 관련 소프트웨어를 활용하여 해결함으로써 융합연구에 대한 인식을 재고하며, 대학생들의 성취의욕 고취하고자 함.경진대회 내용주어진 바이오.의료.헬스 분야의 컴퓨팅 문제해결 예선: 문제해결 제안서 평가를 통해 본선 진출팀 결정 본선: 자신이 개발한 방법을 사용하여 대회 당일 경진대회일정경진대회 문제 공지 : 2011..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Bioinformatics. 생물정보학 수업을 들으면서 가장 재미있었던 sequence alignment 관련 내용입니다. 1. Global alignment vs Local alignment 서열분석의 목적은 관심 있는 서열의 유사점과 차이점을 분석하여 염기와 아미노산 수준에서 서열간의 구조적 기능적 및 진화론적 관련성을 추론하려는 것입니다. Figure 1.1 Dynamic programming(DP) : 두 개의 염기서열에 대해서 정렬하기 위해 사용되는 알고리즘. 이러한 방법은 두 개의 서열 사이에서 Optimal aliment를 구해줍니다. Optimal alignment는 두 개의 sequence에 대해서 matched,..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Central dogma: 유전정보는 DNA상의 염기배열에서 상보적 염기배열을 가지는 mRNA로 옮겨져, 다시 ribosome위에서 단백질의 아미노산 배열로 전달된다는 한 방향의 흐름이 있음. Crick는 이 유전정보 전달의 흐름을 생물의 일반적 원칙으로서 central dogma 라 부르게 함. /Naver 지식사전 1) Shotgun: DNA 서열분석 방법 중 하나 분석하려는 대상이 되는 유전체를 여러 개 준비하여 각각에 대해 무작위 적으로 2,000 bp, 10,000 bp크기만큼 잘라, 그 서열들을 plasmid에 삽입하여 clone library를 만든 후, 모든 부분 서열에 대해 양쪽으로 500bp 만큼 해독하여 데이터..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ * Bioinformatics의 정의 Bio – 생물학 Informatics – 전산학 Bioinformatics – 전산학, 통계학적인 기술들을 이용하여 생물학에서 발생하는 문제들을 해결하는 분야 * 이번 포스트에서 다룰 단어들 1. Chromosomes 염색체 2. DNA - deoxyribonucleic acid 3. Gene and genome 4. RNA 5. Synthesis of protein 단백질합성 6. Exon , intron 7. Codon / RNA 암호 기본단위 1. Chromosomes - 염색체 위에 있는 그림은 세포막 속의 여러 개의 소 기관들을 나타냅니다. Nucleus : 핵. 핵속에 Chromo..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 계층적 클러스터링의 종류 1) Single (nearest-neighbour) : 두 클러스터간 거리를 두 클러스터의 멤버간 거리 중 가장 짧은 것으로 봅니다.2) Complete (furthest neighbour) : 두 클러스터간 거리를 두 클러스터의 멤버간 거리 중 가장 긴 것으로 봅니다.3) Centroid : 두 클러스터간 거리를 각 클러스터의 Multivariate mean간의 거리로 봅니다. 4) Average : 두 클러스터간 거리를 두 클러스터의 모든 멤버간 거리의 평균(average)으로 봅니다.5) Median : 두 클러스터간 거리를 두 클러스터의 모든 멤버간 거리의 중앙값(median)으로 봅니다. 6) ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ FTP 설치를 완료했고, 로컬에서 접속도 되지만 외부에선 안되는 경우. 웹서버 설치를 완료했지만, 외부에서 접속이 안되는 경우! 기타 서버를 설치했지만, 외부에선 접속이 안되는경우! 이런경우는 다 윈도우 방화벽의 기본 설정때문입니다. (기본적으로 포트는 다 막혀있습니다.) 제어판 -> Windows 방화벽에 들어가세요. 방화벽 좌측 메뉴에 고급설정을 눌러줍니다. 인바운드 규칙 우클릭 -> 새규칙(N) 을 눌러줍니다. 인바운드 규칙이란, 외부에서 서버(Local)로 접속하는 규칙을 말합니다. 포트를 여는 작업이니, 규칙 종류에서 포트(O)를 선택해주세요. 저는 FTP 서버의 포트를 열기 위한 작업이므로, 포트에 21을 입력해줍니다...