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http://www.liuzlab.org/TCGA2STAT/ https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/index.html TCGA2STAT: Simple TCGA Data Access for Integrated Statistical Analysis in R Automatically downloads and processes TCGA genomics and clinical data into a format convenient for statistical analyses in the R en environment. R을 이용해서 TCGA 데이터를 바로 불러올 수 있는 패키지. 2015. 11. 14. Wan, Ying-Wooi, Genevera I. Allen..

0. Input으로 사용할 Sequence data 준비. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/에서 아무거나... faa 확장자 파일 준비.모든 파일들을 하나로 합쳐서 sequences.faa 라는 파일로 완성.. # head sequences.faa 1. BLAST Linux executable 파일 다운로드URL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ NCBI에서, 소프트웨어 다운로드란에 들어가서 BLAST를 다운받는다. 2. wget으로 위의 blast x64-linux.tar.gz파일 다운로드. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe..

MRI: Magnetic Resonance Imaging. 자기공명영상 MRI는 신경학 및 신경외과에서 가장 일반적으로 사용되는 검사.뇌, 척수 및 혈관 해부학에 대한 세부 사항을 제공하며, 해부학을 시각화 할 수 있다는 이점이 있음. 가로면, 관상면, 시상면 (영문으로는 각 Axial, coronal, sagittal 으로 표현) 으로 해부학을 보여주며,절편 두께는 1~10 mm로 다양하다. 특히 MRI는 관상, 시상 (Coronal, Sagittal) 영상에 특히 좋다.가로면 (Axial) 영상은 CT가 우월하다고 한다. (그래서 MRI를 CT로 변환하는 논문들의 figure들은 주로 Axial을 나타낼까...? ) MRI Basic은 http://casemed.case.edu/clerkships/n..

매트랩은 무겁고, 용량도 커서 내 노트북에 설치하고 다니기가 힘들었다.모듈들 이것저것 받다보면 엄청나게 뿔어나는 용량.. 매트랩 초보자라 몰랐던것 같기도 한데, 온라인 버전으로 코딩하는 서비스가 있었다. https://matlab.mathworks.com/ MATLAB 라이센스만 있으면 바로 이용가능하다.분석하고자 하는 데이터, 혹은 이미지 업로드도 가능하다. Cloud Storage and Synchronization Full integration with MATLAB Drive gives you 5GB to store, access, and manage your files from anywhere with MATLAB Online. Use MATLAB Drive Connector to sync you..

진짜 scipy 안에 있는 모듈을 import 할 때, DLL이 없다고 에러가 난다. 구글링 해서 Stack-overflow 같은 곳에서는 NumPy+MKL 를 설치하라고 난리다.해당 파일은 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 에서 다운받아서 설치할 수 있지만,본인은 아무리 Numpy, scipy를 지우고 NumPy+MKL을 따로 받아 설치하고 해도scipy는 import 되는데, 안에있는 sub-module에 대해서는 DLL error가 발생했다. >>> import scipy# scipy는 잘 import 됨. >>> import scipy.miscTraceback (most recent call last): File "", line 1, in File "C:..

R을 이용해서 Image augmentation 하기. 1. Size 조절2. 각도 조절3. Flip (horizontal / vertical) 현재 폴더에 있는 모든 이미지를 불러온 후,3가지를 수행하여 augmentation 하여 생성된 샐운 이미지를 저장하는 코드입니다. library(OpenImageR)setwd("C:/Users/Lee/imgData/") #이미지가 존재하는 경로를 입력 files

DICOM 이미지를 이용해서 학습을 하려고, jpg나 png format으로 바꾸려고 했는데,예전에 어떤 library를 썼는지 잘 기억이 안나서.. 구글링해보니 mritopng 라는 정말 간단한 패키지가 있어서, 혹시 까먹을까봐 포스팅으로 남겨본다. https://github.com/danishm/mritopng 위 github에서 zip 파일 다운받아서 압축을 풀고,콘솔에서 python setup.py install 하나로 설치 완료. 혹은 pip install mritopng convert_file이란 함수로 파일 이름 하나하나 짚어가면서 바꿀 수 있고,convert_folder 함수로 폴더 안에있는 모든 dicom 파일을 (DCM) png로 바꿀 수 있다. import mritopng # Conv..