RNA-seq quantification - Kallisto

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 * http://sosal.kr/
 * made by so_Sal
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맨 처음에 인덱싱하는것이 좀 오래걸리는데,

 

빌드 한번 해놓으면, 그 뒤로는 일반적인 랩탑에서도 RNA-seq 정량하는데 10분컷이 나온다고 합니다..

 

 

Each simulation was processed on average in less than 7.5 min on a single core. The total runtime for kallisto on the simulated data was 11.47 

 

 

 

-Software

https://pachterlab.github.io/kallisto/

 

 

http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3519.html