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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Expectation Maximization 알고리즘에 대해 어렴풋이 알고있었는데,이번기회에 R프로그래밍을 이용하여 직접 구현해보았다. 라이브러리를 사용하면 쉽게 사용할 수 있지만,수리통계와 확률론에 평소에 약했다고 느끼는 터라, 이번 기회에 한번 직접 구현해보았다.EM 알고리즘을 적용할 수 있는 예는 방대하지만, Clustering을 예제로 하여 이 글을 작성한다.Clustering의 대상은 DNA Sequence로 한다. 샘플: 데이터변수: 하나의 데이터(샘플)가 가지는 다양한 값 Clustering은 비슷한 변수를 가지고 있는 샘플들을 군집화 시켜주는 알고리즘이다. K-meansClustering 기법중, k-means cl..

Hadoop-Hive 연동 에러 hive에서 분명 show tables, show databases 등이 잘 동작하는데, Create table이 안되는 경우가 있다. hive> show tables;OKTime taken: 0.141 seconds 그런데 Create Table을 하면 자세한 에러사항 없이 아래와 같이 FAILED 에러가 뜬다. > CREATE TABLE TABLE_NAMES (ID STRING, SYMBOL STRING, GENE_NAME STRING) > ROW FORMAT DELIMITED FIELDS TERMINATED BY ',' > LINES TERMINATED BY '\n' > STORED AS TEXTFILE; FAILED: Execution Error, return co..

Molecular structure - // - > Properties (바로 Properties를 표현하긴 힘들다)Molecular structure -> Representation -> Description -> Modeling -> Properties. Description Global descriptorsBased on the whole molecule - LogP - Volume - surface aeas (polar, non-polar) - Dipole moment - Refractive index, etc. No problem with 3D alignmentNo information about favorable interactions Local descriptorsDescribes a par..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 리셉션이 끝나고, 박물관 탐방 이후에 호텔 돌아오는 길의 학회장 분수대. 밖에는 저렇게 자전거들이 덜렁 있네요. 하루 대여하는데 얼마나 드는지 잘 기억이 안나네요.. 월드포럼 컨벤션센터의 간판은 밤에도 멋지게 빛나고 있습니다. 학회장 아침의 Keynote 세션. Single cell 분석 관련 주제였는데, 참 재미있는 분야죠. 데이터가 좀 불안정 하기 때문에, 이것저것 필터링 하는 기법부터 시작해서 유전체 분석의 결과를 바탕으로 발생학을 설명하는 강의였습니다. 저도 언젠가 single cell 분석을 공부해보고 싶네요. 밖에선 이렇게 캠브릿지, 스프링거, 옥스포드 프레스 3가지 서적 관련 업체에서 와서 책을 싸게 팔고 있었습니다...

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 헤이그 타워에서 나온 뒤, 헤이그의 시내로 이동했습니다. 사진 찍힌 시각을 보니 밤 9시정도가 됐네요. 딱 밤 8시 이후가 되면 길거리에 사람보기가 힘들어지는 동네입니다. 그렇다고 치안이 안좋지는 않은데, 가게들이 거의 오후 6시만 되면 다 문을 닫고 집으로 퇴근하는것 같습니다. 저녁만 되면 정말 길거리가 조용해집니다. 시끌벅적해야 할 시내가, 밤 9시에 이렇게 불만 켜놓고 더이상 영업을 하지 않네요. 그래도 어차피 온거, 그냥 사진이나 찍고 가자는 맘으로 이곳 저곳 돌아다녔습니다. 여긴 애플스토어. 귀여운 사과이미지의 간판 두개가 반짝이네요. 물론 영업은 하지 않고 있습니다. 조명이 충분히 밝은데, 저 뒤에 디스플레이에 초점이 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Den haag, 네덜란드 덴 헤이그에 학회 ECCB에 참여하기 위해 네덜란드로 이동했습니다. 15th European Conference on Computational Biology Computational biology, bioinformatics 분야에서 ECCB ISMB 두 학회의 입지는 굉장히 크다고 하네요.. 토요일부터 수요일까지, 어떻게 보면 굉장히 긴 시간을 네덜란드 헤이그에서 보냈습니다. 제가 제대로 여행을 못해본 것도 있지만, 학회일정이 빡빡해서 마치면 저녁이라 이곳저곳 많이 다녀보진 못한 것 같아요. 학회 여행기지만 학회얘긴 별로 안할 것 같지만.. 스키폴공항에 이른 새벽에 도착해서 정신없이 헤이그로 가는 기차..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ MDS - Multi dimensional scaling PCA - principal component analysis MDS - Multi dimensional scaling 데이터 분석 관련 서적들에서는 '다차원척도법'으로 직역하는 것 같다. MDS 기법은 numeric 변수로만 이루어 졌을 때 사용이 가능하다. 자료들의 '비유사성' 거리를 바탕으로, 다중의 변수들을 2차원 혹은 3차원으로 낮추어 나타내는 기법이다. 낮은 차원에서의 자료들이 거리가 멀리 떨어져 위치한다는 것은 비유사성이 높다는 뜻이고, 자료가 가까울수록 비유사성이 낮다 (즉 유사성이 높다)는 뜻이 된다. MDS를 이용하여 데이터를 시각화 하는 방법의 가장 큰 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ VirtualBox 에서 리눅스를 설치하셨을 겁니다. 일단 ssh로 리눅스 서버에 접속하기 위해서, ssh demon이 필요합니다. (sshd) 먼저 sshd를 설치해줍시다. - Ubuntu sudo apt-get install openssh-server - CentOS yum -y install openssh-server openssh-clients netstat -ntl 같은 명령어로 22번 포트가 열려있는지 확인해주시고.. ifconfig로 네트워크가 잘 동작하고 있는지도 확인해줍니다. VirtualBox 설치 시, Network 설정을 default로 해주셨다면 일단 기본적으로 이더넷 카드의 address는 10.0.2.1..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 윈도우10, 1주년 업데이트가 떴습니다. 업데이트 규모가 커서 그런지, 자동으로 업데이트는 안되고 따로 받아주셔야 업데이트가 되네요. 윈도우10 인터페이스가 워낙 좋아서, 이번 업데이트는 저는 바로 하기로 결심했습니다. 1. 시작키를 누른 후에, update를 검색해주시면 제어판 메뉴 중 하나인, '업데이트 확인' 이 뜹니다. 이걸 클릭해주세요. Windows 업데이트 화면이 뜹니다. 여기서 '자세한 정보'를 눌러주시면 됩니다. 제가 그림에 따로 표시를 안했지만, '자세한 정보' 를 누르시면 됩니다. 그러면 이렇게 'Windows 10 업데이트 기록' 화면이 브라우저로 뜨게 됩니다. '1주년 업데이트 다운로드' 를 눌러주시면 업데..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 오리온 초코파이 바나나맛 (12개입)을 매점에서 4100원에 들고왔습니다. 정가는 잘 모르겠네요. 초콜릿 가공품 (코코아원료 2.5%) 444g (2,076 kcal) 바나나퓨레 1.1% 바나나플레이크 0.7% (바나나원물환산 4.2%) 2076 칼로리니까, 개당 173 칼로리네요. 생각보다 그렇게 높진 않은데요? ㅋㅋ 솔직히 포장지가 너무 맛있게 생겨서.. 그냥 초코파이 사려다가 바나나맛을 집었습니다. 노랑노랑 한게.. 뭔가 먹음직스러워 보입니다. 일단 겉보기는 똑같아요. 똥글똥글한게.. 그냥 비슷한 초코파이? 한입 물었는데 약간 얍실한 바나나맛(?) 이 납니다 ㅋㅋ. 진짜 바나나랑은 좀 다르고.. 우주선 바나나우유 맛에 약간 ..