2015/06/03 5

MinION nanopore sequencer 를 위한 향상된 데이터 분석

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Nature Methods지에 실린 논문입니다. NGS 이후에 3세대 Sequencer중에 하나인 MinION Nanopore sequencer로부터 얻은 데이터에 대해 정확한 sequencing을 위한 데이터분석 관련 논문입니다. MinION Nanopore sequencer는 위의 그림처럼 usb크기의 아주 작은 sequencer다. 기존의 NGS sequencer와 달리, 다량의 잘려진 sequence fragment를 읽어들이는 것이 아닌, 하나의 DNA strand 전체를 한번에 읽어들일 수 있다는 장점이 있다. 현재까지는 variant가 아주 많은 부위 [예를들면 면역관련이나 류마티스 관절렴 등등, variant가 아주..

Python - 도형 class를 이용한 상속 예제

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Vehicle 객체에서 기본적인 동작을 미리 구현하여 Car, Truck, Motocycle 등의 class를 구현할 때, 이미 기본적인 뼈대가 구현 된 vehicle 객체를 상속받음으로써 지역변수, 함수 등의 리소스들를 재활용 할 수 있다. 마찬가지로 도형에서도 shape라는 뼈대 class 객체를 미리 구현해 둔다면 Rectangle, triangle, Circle 등을 구현할 때, 자료를 재활용 하므로써 편하게 프로그래밍 할 수 있다. - Shape class 기본적으로 width, height 2가지 변수를 float으로 입력 받아 데이터를 생성하는 생성자를 가진다. getWidth(), setWidth() 등의 gette..

Python - 미국형 날짜구분자, 유럽형으로 바꾸기

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 미국은 mm/dd/yy 순서로 날짜를 표현합니다. 예를들어 2015년 06월 03일은 6/3/15 정도로 표현됩니다. 하지만 유럽은 dd/mm/yy 순서로 날짜를 표현합니다. 그리고 한자리 숫자의 경우 꼭 10의 자리에 0을 붙여줍니다. 2015년 06월 03일은 03/06/15 정도로 표현됩니다. python으로 미국형 날짜순서를 유럽형으로 바꾸는 코드입니다. ex1 ) Input: 6/3/15 output: 03/06/15 ex2 ) input: 01/29/13 output: 29/01/13 __author__= "sosal" def europeanize(date): days = date.split('/') # /으로 구분되어..