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제 1회 전국 대학생 Biocomputing 경진대회분류 생물학관련 모든 분야주관 한국생물정보시스템생물학회 (KSBSB)날짜 2011.10.01장소 KAIST 정문술 빌딩교육비 무료문의처seokjongyu@gmail.comURL http://biosoft.kisti.re.kr/bcc2011첨부파일 1 BCC2011_Poster.jpg (626.12 KB)경진대회 목적생물정보분석에대한 공지된 문제를 관련 소프트웨어를 활용하여 해결함으로써 융합연구에 대한 인식을 재고하며, 대학생들의 성취의욕 고취하고자 함.경진대회 내용주어진 바이오.의료.헬스 분야의 컴퓨팅 문제해결 예선: 문제해결 제안서 평가를 통해 본선 진출팀 결정 본선: 자신이 개발한 방법을 사용하여 대회 당일 경진대회일정경진대회 문제 공지 : 2011..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Bioinformatics. 생물정보학 수업을 들으면서 가장 재미있었던 sequence alignment 관련 내용입니다. 1. Global alignment vs Local alignment 서열분석의 목적은 관심 있는 서열의 유사점과 차이점을 분석하여 염기와 아미노산 수준에서 서열간의 구조적 기능적 및 진화론적 관련성을 추론하려는 것입니다. Figure 1.1 Dynamic programming(DP) : 두 개의 염기서열에 대해서 정렬하기 위해 사용되는 알고리즘. 이러한 방법은 두 개의 서열 사이에서 Optimal aliment를 구해줍니다. Optimal alignment는 두 개의 sequence에 대해서 matched,..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Central dogma: 유전정보는 DNA상의 염기배열에서 상보적 염기배열을 가지는 mRNA로 옮겨져, 다시 ribosome위에서 단백질의 아미노산 배열로 전달된다는 한 방향의 흐름이 있음. Crick는 이 유전정보 전달의 흐름을 생물의 일반적 원칙으로서 central dogma 라 부르게 함. /Naver 지식사전 1) Shotgun: DNA 서열분석 방법 중 하나 분석하려는 대상이 되는 유전체를 여러 개 준비하여 각각에 대해 무작위 적으로 2,000 bp, 10,000 bp크기만큼 잘라, 그 서열들을 plasmid에 삽입하여 clone library를 만든 후, 모든 부분 서열에 대해 양쪽으로 500bp 만큼 해독하여 데이터..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ * Bioinformatics의 정의 Bio – 생물학 Informatics – 전산학 Bioinformatics – 전산학, 통계학적인 기술들을 이용하여 생물학에서 발생하는 문제들을 해결하는 분야 * 이번 포스트에서 다룰 단어들 1. Chromosomes 염색체 2. DNA - deoxyribonucleic acid 3. Gene and genome 4. RNA 5. Synthesis of protein 단백질합성 6. Exon , intron 7. Codon / RNA 암호 기본단위 1. Chromosomes - 염색체 위에 있는 그림은 세포막 속의 여러 개의 소 기관들을 나타냅니다. Nucleus : 핵. 핵속에 Chromo..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 계층적 클러스터링의 종류 1) Single (nearest-neighbour) : 두 클러스터간 거리를 두 클러스터의 멤버간 거리 중 가장 짧은 것으로 봅니다.2) Complete (furthest neighbour) : 두 클러스터간 거리를 두 클러스터의 멤버간 거리 중 가장 긴 것으로 봅니다.3) Centroid : 두 클러스터간 거리를 각 클러스터의 Multivariate mean간의 거리로 봅니다. 4) Average : 두 클러스터간 거리를 두 클러스터의 모든 멤버간 거리의 평균(average)으로 봅니다.5) Median : 두 클러스터간 거리를 두 클러스터의 모든 멤버간 거리의 중앙값(median)으로 봅니다. 6) ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ FTP 설치를 완료했고, 로컬에서 접속도 되지만 외부에선 안되는 경우. 웹서버 설치를 완료했지만, 외부에서 접속이 안되는 경우! 기타 서버를 설치했지만, 외부에선 접속이 안되는경우! 이런경우는 다 윈도우 방화벽의 기본 설정때문입니다. (기본적으로 포트는 다 막혀있습니다.) 제어판 -> Windows 방화벽에 들어가세요. 방화벽 좌측 메뉴에 고급설정을 눌러줍니다. 인바운드 규칙 우클릭 -> 새규칙(N) 을 눌러줍니다. 인바운드 규칙이란, 외부에서 서버(Local)로 접속하는 규칙을 말합니다. 포트를 여는 작업이니, 규칙 종류에서 포트(O)를 선택해주세요. 저는 FTP 서버의 포트를 열기 위한 작업이므로, 포트에 21을 입력해줍니다...

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 상용화 되어있는 FTP 프로그램들은 항시 돌려놓기 불편하고, 버그도 많고 불안정하죠. 윈도우에서 제공되는 FTP 서버를 사용해보도록 합시다. 제어판 -> 프로그램 및 기능 -> Windows 기능 사용/사용 안함 'Windows 기능 사용/사용 안함' 메뉴에 들어가시면 아래 '인터넷 정보 서비스' 아래에 FTP 관련된 메뉴에 체크를 해줍니다. 아래와 같이 뜨는 기능 변경 대기시간을 기다려 주세요. Windows 관리기능에 IIS 관리 콘솔을 추가하셨기 때문에 '제어판 -> 관리도구'에 들어가시면 IIS(인터넷 정보 서비스) 관리자가 생성됩니다. IIS(인터넷 정보 서비스) 관리자를 실행하시고, 왼쪽 사용자 리스트를 우클릭 하시고 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ y[n] = h[n]*x[n] FIR filter는 LTI 시스템의 한 예로, 선형적이며 시불변성을 가집니다.Impulse response h[n]은 입력이 델타로 표현될 때, y[n]을 결정시켜주는 시스템입니다. h[n]에 의해 들어온 input들이 처리되어 각각의 하나의 신호를 만들며그들이 겹쳐지는 신호합을 구하는 과정을 convolution 이라고 합니다. 아래는 h[n]과 x[n]의 impulse response가 주어졌을 때, y[n]을 구하는 convolution 과정입니다. 위의 convolution 작업을 c++을 이용하여 구현하였습니다. 아래는 H[n]과 X[n]이 배열로 주어졌을 때, Y[n] 결과와 그 Matr..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 단순 반복작업이 필요하다면 매크로를 만들어야겠죠? 수강신청 매크로, 게임 매크로 등등은 autohotkey를 이용한다면 매우 편리하게 만드실 수 있습니다. 일단 매크로 프로그램부터 받아볼까요? http://www.autohotkey.com/ 오토핫키 정식사이트에 들어가셔서 올바른 프로그램을 받으셔야합니다. (블로그나 다른 웹사이트에서 제공하는 프로그램을 받는것은 바이러스 감염 위험이 있습니다.) 여기서 installer를 클릭하셔서 다운받으시고 Custom installation을 통해 프로그램을 설치하시면 됩니다. 설치를 다 하시고, 실행하시면 아래 아이콘이 떠야합니다! - 작업표시줄 아이콘에서 오토핫키를 우클릭 했을때의 모습 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Autohotkey 사용법 글을 참조하셔서 autohotkey를 설치하시고, 간단한 사용법을 익히세요. - 인터넷에 떠도는 exe파일로 된 매크로를 잘못 설치하시면 바이러스 위험이 있으니 꼭 조심해주세요. Autohotkey 사용법오토핫키 사용법을 체득하지 않으시고서는 이 글을 이해하실 수 없으세요 ㅠ 꼭 보고 이글을 읽으시기 바랍니다. - loop, send examplesLoop 20 { Send {Tab down} ; Auto-repeat consists of consecutive down-events (with no up-events). Sleep 30 ; The number of milliseconds between ke..