Blosum62 Codon table / matrix C++

/*

 * http://sosal.kr/

 * made by so_Sal

 */

 

 

 

 

 

 

 

 

BLOSUM: Blocks of aAmino acid substitution matrix

 

 

블로섬의 퍼센트 동일성 중에서, 흔히 60%의 동일성에 기반한 매트릭스를 많이 사용한다. 이것은 기존의 PAM(Point Accepted Mutation ) 매트릭스보다 성능이 더 좋다. 블로섬 60등은 아래와 같은 공식으로 만들어진다.

B[i,j]= (1/λ)log {(P i,j)/(ƒi,ƒj)}

 

출처: http://en.wikipedia.org/wiki/File:BLOSUM62.gif

 

 

 

 

예전에 짜놨던 코돈테이블을 우연히 발견해서 올려봅니다.

수치로 나와있는 그림은 많지만 이 테이블을 만드는건 여간 귀찮은게 아니죠 --;

 

 

 

 

Sequence alignment에 사용되는 score table인 blosum 62의 코드입니다.

 

double codon_table[50][50]={

{ 4,-1,-2,-2, 0,-1,-1, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 0,-3,-2, 0,-2,-1,-1,-1,-4},

{-1, 5, 0,-2,-3, 1, 0,-2, 0,-3,-2, 2,-1,-3,-2,-1,-1,-3,-2,-3,-1,-2, 0,-1,-4},

{-2, 0, 6, 1,-3, 0, 0, 0, 1,-3,-3, 0,-2,-3,-2, 1, 0,-4,-2,-3, 4,-3, 0,-1,-4},

{-2,-2, 1, 6,-3, 0, 2,-1,-1,-3,-4,-1,-3,-3,-1, 0,-1,-4,-3,-3, 4,-3, 1,-1,-4},

{ 0,-3,-3,-3, 9,-3,-4,-3,-3,-1,-1,-3,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-1,-3,-1,-3,-1,-4},

{-1, 1, 0, 0,-3, 5, 2,-2, 0,-3,-2, 1, 0,-3,-1, 0,-1,-2,-1,-2, 0,-2, 4,-1,-4},

{-1, 0, 0, 2,-4, 2, 5,-2, 0,-3,-3, 1,-2,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1,-3, 4,-1,-4},

{ 0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6,-2,-4,-4,-2,-3,-3,-2, 0,-2,-2,-3,-3,-1,-4,-2,-1,-4},

{-2, 0, 1,-1,-3,-0, 0,-2, 8,-3,-3,-1,-2,-1,-2,-1,-2,-2, 2,-3, 0,-3, 0,-1,-4},

{-1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4, 2,-3, 1, 0,-3,-2,-1,-3,-1, 3,-3, 3,-3,-1,-4},

{-1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,-2, 2, 0,-3,-2,-1,-2,-1, 1,-4, 3,-3,-1,-4},

{-1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 0,-3, 1,-1,-4},

{-1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5, 0,-2,-1,-1,-1,-1, 1,-3, 2,-1,-1,-4},

{-2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6,-4,-2,-2, 1, 3,-1,-3, 0,-3,-1,-4},

{-1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7,-1,-1,-4,-3,-2,-2,-3,-1,-1,-4},

{ 1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4, 1,-3,-2,-2, 0,-2, 0,-1,-4},

{ 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5,-2,-2, 0,-1,-1,-1,-1,-4},

{-3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11, 2,-3,-4,-2,-2,-1,-4},

{-2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7,-1,-3,-1,-2,-1,-4},

{ 0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,-3, 2,-2,-1,-4},

{-2,-1, 4, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4,-3, 0,-1,-4},

{-1,-2,-3,-3,-1,-2,-3,-4,-3, 3, 3,-3, 2, 0,-3,-2,-1,-2,-1, 2,-3, 3,-3,-1,-4},

{-1, 0, 0, 1,-3, 4, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-2,-2,-2, 0,-3, 4,-1,-4},

{-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-4},

{-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4, 1}

};