R - ReadAffy() .CEL file read Error

/*

 * http://sosal.kr/
 * made by so_Sal
 */

 

library(limma)

library(gcrma)

> ReadAffy()

Error:

The affy package is not designed for this array type.
Please use either the oligo or xps package.

Cell file 배열 type이 기존의 ReadAffy() 함수로 읽어지는 형태가 아닌가보다.

array type에 대해 찾아보려면 찾아볼 수 있지만 귀찮아서 에러에서 말한대로

oligo 패키지를 이용해서 CEL 파일을 읽어들이기로 했다.

Bioconductor로 쉽게 설치하면 끝난다.

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("oligo")

> library(oligo)
> exp.cel <- read.celfiles(list.celfiles("./", full.names = T))
> exp.rma <- rma(exp.cel)

("./" 은 현재파일에 있는 모든 CEL 파일을 읽어들이겠단 뜻)

rma 함수 하나면 Background correction, Quantile normalization까지 모두 해준다.

 

Raw data의 value와 rma normalization 결과도 잘 나온다.

limma에서 제공하는 backgroundCorrect, backgroundCorrect() 함수와 어떻게 다른지 궁금하다.

휴.. 논문을 찾아보려면 또 시간을 내서 봐야하는데.. ㅠㅠ