ORF vs Coding sequence (cds) 차이점

 

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- https://www.biostars.org/p/47022/

 

Open Reading Frame (ORF) vs Coding sequence (CDS)

 

 

 

 

- Open reading frame

DNA sequence는 6가지 reading frame이 존재한다.

[ATG][CAT]GC

A[TGC][ATG]C

AT[GCA][TGC]

Double strand로 존재하기 때문에, 상보서열까지 총 6가지의 경우의 수가 존재한다.

 

이 모든 reading frame에서 존재할 수 있는 Start codon 'ATG' (not always) 에서부터 Stop codon (TAA, TAG, TGA)으로 둘러쌓인 sequence를 ORF라고 할 수 있다. 'Protein coding region'의 가능성을 가진 위치를 뜻한다.

 

하지만 이 지역이 실제로 protein으로 발현되는 서열인지, 혹은 다른 RNA를 발현하는 위치인지, 혹은 non-coding region인지는 알 수 없다. 단지 특정 유전체에서 유전자를 찾기 위해 검색해보는 첫번째 단계이다. protein coding region은 start codon과 stop codon으로 둘러쌓여있기 때문이다.

 

 

- Coding Sequence (CDS)

Coding sequence는 실제로 단백질로 발현되는 DNA 지역이다. 위 그림에서 보듯 CDS는 실제 유전체에서 Intron이 모두 제거되고 Exon들이 연결된 서열이며, 이것이 결국 3개의 nucleotide, 코돈 단위로 아미노산으로 번역된다.

mRNA 서열은 하나의 CDS 서열 전체를 포함한다.