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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 악보, 코드 채보는 정말 오랜만에 하는 것 같습니다. 이번 티아라 신곡, TIAMO 정말 좋네요.코드도 정말 쉽습니다.기본 4코드 반복에서 브릿지 부분에 잠깐 바뀌는게 끝이네요. 어쿠스틱 버전으로 연주해도 멋있을 것 같습니다. 노래 정~말 좋네요.. 이번 크리스마스는 티아라와 함께 하겠습니다. F C Dm7 Bbadd9TIAMO... F C Dm7 Bbadd9eheheheh eheheheheh, eheheheh ehehehehehF C Dm7 Bbadd9eheheheh eheheheheh, eheheheh eheheheheh F C 보고 싶어 TIAMO 눈물이 날 듯해요Dm7 Bbadd9하늘에 별도 가득가득 한듯해요 F C 보고 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://ccb.jhu.edu/software/centrifuge/manual.shtml Facebook korean bioinformatics에서 김대환 박사님께서 언급하신 프로그램.BLAST보다 3,000배 이상 빠른 Centrifuge라는 프로그램 (https://ccb.jhu.edu/software/centrifuge)도 있습니다.Centrifuge 웹사이트에서 NCBI nucleotide non-redundant sequences (nt)인덱스를 다운로드 받으셔서 사용하시면 될것 같습니다. 이 nt 인덱스는 viruses, archaea, bacteria, eukaryotes등의 genome sequence를 포함하..

세션 들으면서 정리했던건데.. 벌써 갔다온지 몇달이 훌쩍 지났다. 노트필기 하면서 무슨 생각을 했는지 사실 기억도 안나는데,이거 이러다가 잊어버릴 것 같아서 그냥 블로그에 흔적을 남겨본다. A survey of best practices for RNA-seq data analysis - Genome BiologyPerturbation biology nominates upstream–downstream drug combinations in RAF inhibitor resistant melanoma cellshttp://www.intogen.org : Cancer Drivers Database - 이거 내가 만드는 네트워크에서 한번 비교해보자http://CancerGenomeInterpreter.org/Ja..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ R studio 1.0.44 버전이 2016년 11월 1일에 release 되었습니다. Authoring tools for R Notebooks.Integrated support for the sparklyr package (R interface to Spark).Enhanced data import tools based on the readr, readxl and haven packages.Performance profiling via integration with the profvis package.Authoring tools for R Markdown websites and the bookdown package.Many ot..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Expectation Maximization 알고리즘에 대해 어렴풋이 알고있었는데,이번기회에 R프로그래밍을 이용하여 직접 구현해보았다. 라이브러리를 사용하면 쉽게 사용할 수 있지만,수리통계와 확률론에 평소에 약했다고 느끼는 터라, 이번 기회에 한번 직접 구현해보았다.EM 알고리즘을 적용할 수 있는 예는 방대하지만, Clustering을 예제로 하여 이 글을 작성한다.Clustering의 대상은 DNA Sequence로 한다. 샘플: 데이터변수: 하나의 데이터(샘플)가 가지는 다양한 값 Clustering은 비슷한 변수를 가지고 있는 샘플들을 군집화 시켜주는 알고리즘이다. K-meansClustering 기법중, k-means cl..

Hadoop-Hive 연동 에러 hive에서 분명 show tables, show databases 등이 잘 동작하는데, Create table이 안되는 경우가 있다. hive> show tables;OKTime taken: 0.141 seconds 그런데 Create Table을 하면 자세한 에러사항 없이 아래와 같이 FAILED 에러가 뜬다. > CREATE TABLE TABLE_NAMES (ID STRING, SYMBOL STRING, GENE_NAME STRING) > ROW FORMAT DELIMITED FIELDS TERMINATED BY ',' > LINES TERMINATED BY '\n' > STORED AS TEXTFILE; FAILED: Execution Error, return co..

Molecular structure - // - > Properties (바로 Properties를 표현하긴 힘들다)Molecular structure -> Representation -> Description -> Modeling -> Properties. Description Global descriptorsBased on the whole molecule - LogP - Volume - surface aeas (polar, non-polar) - Dipole moment - Refractive index, etc. No problem with 3D alignmentNo information about favorable interactions Local descriptorsDescribes a par..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 리셉션이 끝나고, 박물관 탐방 이후에 호텔 돌아오는 길의 학회장 분수대. 밖에는 저렇게 자전거들이 덜렁 있네요. 하루 대여하는데 얼마나 드는지 잘 기억이 안나네요.. 월드포럼 컨벤션센터의 간판은 밤에도 멋지게 빛나고 있습니다. 학회장 아침의 Keynote 세션. Single cell 분석 관련 주제였는데, 참 재미있는 분야죠. 데이터가 좀 불안정 하기 때문에, 이것저것 필터링 하는 기법부터 시작해서 유전체 분석의 결과를 바탕으로 발생학을 설명하는 강의였습니다. 저도 언젠가 single cell 분석을 공부해보고 싶네요. 밖에선 이렇게 캠브릿지, 스프링거, 옥스포드 프레스 3가지 서적 관련 업체에서 와서 책을 싸게 팔고 있었습니다...

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 헤이그 타워에서 나온 뒤, 헤이그의 시내로 이동했습니다. 사진 찍힌 시각을 보니 밤 9시정도가 됐네요. 딱 밤 8시 이후가 되면 길거리에 사람보기가 힘들어지는 동네입니다. 그렇다고 치안이 안좋지는 않은데, 가게들이 거의 오후 6시만 되면 다 문을 닫고 집으로 퇴근하는것 같습니다. 저녁만 되면 정말 길거리가 조용해집니다. 시끌벅적해야 할 시내가, 밤 9시에 이렇게 불만 켜놓고 더이상 영업을 하지 않네요. 그래도 어차피 온거, 그냥 사진이나 찍고 가자는 맘으로 이곳 저곳 돌아다녔습니다. 여긴 애플스토어. 귀여운 사과이미지의 간판 두개가 반짝이네요. 물론 영업은 하지 않고 있습니다. 조명이 충분히 밝은데, 저 뒤에 디스플레이에 초점이 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Den haag, 네덜란드 덴 헤이그에 학회 ECCB에 참여하기 위해 네덜란드로 이동했습니다. 15th European Conference on Computational Biology Computational biology, bioinformatics 분야에서 ECCB ISMB 두 학회의 입지는 굉장히 크다고 하네요.. 토요일부터 수요일까지, 어떻게 보면 굉장히 긴 시간을 네덜란드 헤이그에서 보냈습니다. 제가 제대로 여행을 못해본 것도 있지만, 학회일정이 빡빡해서 마치면 저녁이라 이곳저곳 많이 다녀보진 못한 것 같아요. 학회 여행기지만 학회얘긴 별로 안할 것 같지만.. 스키폴공항에 이른 새벽에 도착해서 정신없이 헤이그로 가는 기차..