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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 천체망원경 사고싶어서 뒤져봤더니.. 전부 '코동'을 사는걸 추천한다기에.. 중고나라에서 값싸게 물어왔다. 거품(?)이 껴있던 천체망원경을코스트코에서 매우 싸게 팔게되면서 '코스트코 망원경' 의 줄임말인 '코망'이 유행하게 됐고그 동생격인 '코동'이 정말 많이 사용하는 입문자용 천체망원경이라고 카더라. 정식명칭은 "Celestron(셀레스트론) Nexstar 90gt Telescope" 살고있는 집은 반지하에다, 옥상도 못쓰는 좁아터진 원룸이라 연구실에서 처음 조립해봤다. 대포처럼 생긴게 늠름해보였다.삼각대에 조임새를 풀면 더 길게 늘릴 수 있는 장치가 있다. 일단 천체망원경을 들고 연구실 건물 옥상으로 올라갔다. 코동 contro..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://regex101.com/ 내가 test하고자 하는 string과, regular expression들이 어떻게 매칭되는지 확인해주는 사이트가끔 regular expression의 format 구현할 때 힘들었는데이 사이트 사용하면 완전 편함!! Python에서, Regular expression으로 filtering 해낸 string을 그룹화 하기regex = r"([a-zA-z]+) (\d+)"re.findall(regex, "June 24, August 18, Dec 36") [('June', '24'), ('August', '18'), ('Dec', '36')] Grouping까지 완벽하게 해주는 모습.... ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 1. Gold wave 다운로드 설치할 필요 없는 Portable 버전이 편리합니다. 2. Gold wave 실행 압축을 풀고, GoldWavePortable.exe 를 실행합니다. 3. 음악파일 열기 좌측 위의 '열기 -> 음악파일 선택' 을 해주시면, 아래와 같이 소리의 크기를 Wave로 나타낸 화면이 나옵니다. 4. 구간 설정하기 Fade out 하고자 하는 위치를 우클릭으로 설정해줍니다. Set Start Marker: Fade out 시작하고자 하는 시점Set Finish Marker: Fade out 끝내고자 하는 시점 보통 Fade out은 마지막에 하기 떄문에.. 전 맨 끝에 설정해주었습니다. 중간에 Fade out..

https://github.com/cardiomoon/shinyLecture2 shiny1.pdf : R과 Shiny를 이용한 Web Application 제작(I) shiny2.pdf : R과 Shiny를 이용한 Web Application 제작 (II) Shiny3.pdf : RStudio addin 제작 Shiny4.pdf : Shiny module 완전 좋은 강의자료.나중에 보기 위해서 URL만 남겨놓는다. 성의없는 포스팅이지만 .. ㅠㅠ자세한 리뷰는 다음기회에.

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ R 프로그래밍에서 Logistic regression, SVM, 혹은 딥러닝 결과 등을 정리할 때ROC curve와 AUC를 계산하기 위해서 매번 pROC, ROCR 등의 라이브러리로허접한 기본 figure들을 만들었었다. 항상 찝찝한 마음으로 기본적인 figure를 그리다가..오늘 찾아보니 Epi라는 패키지를 쓰면 매우 쉽게 좋은 ROC curve 그래프를 그릴 수 있다는 것을 발견했다. install.packages("Epi")간단하게 설치해주고.. library(Epi) ROC(predicted, label) # also try adding plot="sp"코드 한줄이면 그래프가 그려진다. ex) library(Epi) pr..

gsutil은 google sotrage를 다루기 위한 툴인데,GnomAD, 1000 genome 등등 공개 빅데이터를 다운받으려면 gsutil 이라는 툴을 사용해야 하는 경우가 많다. 프로그램에 대한 자세한 설명은 안나와있지만, 다운로드 속도가 빠른걸 보니아마 UDP 기반으로 만들어진 파일전송 시스템이 아닐까 싶다. ;; [sosal@cipher reference]$ uname -aLinux cipher.snubi.org 2.6.32-642.4.2.el6.x86_64 #1 SMP Tue Aug 23 19:58:13 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 리눅스에서 uname -a라고 치면, 64비트인지 32비트인지 알 수 있다.x86_64 이기 때문에, 64비트이며 아래..

Failed building wheel for scikit-image Running setup.py clean for scikit-imageFailed to build scikit-imageInstalling collected packages: scikit-image Running setup.py install for scikit-image ... error ..... compiling C sources error: Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with "Microsoft Visual C++ Build Tools": http://landinghub.visualstudio.com/visual-cpp-build-tools ######## Solution ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ https://github.com/aleju/imgaug/blob/master/README.md 여러가지 이미지 Augmentation 기법들을 github에 어떤 분이 정리해주셨다.깃헙 사이트 들어가면 더 잘 나와 있겠지만.. 나중에 기억하기 위해 포스팅 하나 남겨놓는다.

http://www.liuzlab.org/TCGA2STAT/ https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/index.html TCGA2STAT: Simple TCGA Data Access for Integrated Statistical Analysis in R Automatically downloads and processes TCGA genomics and clinical data into a format convenient for statistical analyses in the R en environment. R을 이용해서 TCGA 데이터를 바로 불러올 수 있는 패키지. 2015. 11. 14. Wan, Ying-Wooi, Genevera I. Allen..

0. Input으로 사용할 Sequence data 준비. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/에서 아무거나... faa 확장자 파일 준비.모든 파일들을 하나로 합쳐서 sequences.faa 라는 파일로 완성.. # head sequences.faa 1. BLAST Linux executable 파일 다운로드URL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ NCBI에서, 소프트웨어 다운로드란에 들어가서 BLAST를 다운받는다. 2. wget으로 위의 blast x64-linux.tar.gz파일 다운로드. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe..