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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 신촌 6번출구 앞 새롬문화센터에서 작은 클레식 공연이 있었어요. '소프라노 최유라' 분의 공연이었는데, 작은 홀에서의 무료공연이라 눈앞에서 성악가분의 멋진 노래를 들을 수 있는 엄청 좋은 기회였던것 같습니다 'CCM 가수 오한나' 진행자분이 정말 재밌게 이야기 거리를 만들어 주셔서 단순히 클레식 음악공연 뿐 만 아니라, '소프라노 최유라' 라는 분이 어떤 사람인지도 알 수 있었어요. 정말 너무 즐거웠습니다 ㅎㅎ 홍대 맛있는 커피 『홍금보가 볶아주는 금보커피』라고, 굉장히 유명한 바리스타분의 커피도 무료로 먹을 수 있었어요. 노래하시는 모습이 너무 아름답고 고우셨어요. 프로답게 엄청 어려운곡도 아주 듣기쉽게 소화하시더라구요. 재미있..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 옛날에 적은글이라.. bioconductor가 업데이트 되면서 사용법이 바꼈습니다.install만 아래로 해주세요~! if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("org.Hs.eg.db") if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("AnnotationDbi") ############# Ensembl ID 또는 Entrez ID를 알고 있..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ JAVA application에서 실행하는 예들 중 명령어 사이에 다음과 같은 옵션이 있는 경우가 있다. ex) $JAVA -Xmx1024m -jar $Programs/myProgram.jar O=result.dict -Xmx 라는 옵션은 'set maximum Java heap size' 힙사이즈의 최대를 결정해주는 옵션이다. 기본적으로 JAVA는 default 값으로 heap 메모리를 최대 64mb만큼 잡는다. 즉 64메가가 넘는 동적 변수를 가질 수 없다는 의미이다. 따라서 큰 데이터를 메모리에 올릴 때, -Xmx1024m 처럼 최대 1기가, 혹은 그 이상 잡을 수 있도록 설정해주어야 한다. ex) 다음은 Maximum ja..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 일반적으로 RNA-seq data는 DEG분석 (Differential expression analysis)를 하기에 앞서 정규화(normalization) 된다. RNASeq normalization은 다음의 이유로 사용된다. - 샘플간의 비교 - 유전자(Gene)의 비교 - 통계 모델을 RNASeq 데이터에 대해 사용하기 위해 RPKM:Reads (Fragments) Per Kilobase per Million(mappeD)은 샘플간, 혹은 샘플에서 유전자들간의 비교를 위해 고안되었다. (or paired-end equivalent FPKM) Mortazavi, Ali, et al. "Mapping and quantifying..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 1. 원하는 프로세스 목록만 가져오기 - ps, grep 2. 프로세스 목록에서 pid만 가져오기 - AWK (GAWK) 3. kill 명령어로 한번에 프로세스 종료하기 4. Shell script를 이용하여 한번에 종료하기 작업할게 많아서 R이라는 프로그램을 거의 40개 가량 돌려야 할 때가 있었습니다. 근데 하나 실수한게 있어서 이 40개나 되는 프로세스를 다 죽여야하게 됐는데, nohup 백그라운드로 실행시키는 바람에 kill이라는 명령어로 하나 하나 다 따로 죽여야 하는 상황이 됐네요. Fig.1 ps -elf | grep sosal | grep exec (스압 --;) 1. 원하는 프로세스 목록만 가져오기 - ps, gr..

5월 28일 신촌, 홍대 부근에서 강기안 메조소프라노 선생님의 공연이 열릴 예정입니다. 바로 가까운 곳에서 소프라노 공연을 볼수있는 기회는 흔치 않은데 입장권도 따로 없고 커피까지 무료로 준다고 하니, 꼭 가봐야겠습니다 1. 공연 관람 시 바리스타가 직접 내려주는 고급커피 무료제공 2. 최고 수준급 아티스트들의 공연 무료 관람 3. 사연 당첨자 - 고급카페 커피 쿠폰 증정 세가지가 돋보이네요 ㅎㅎ 위치는 아래 지도를 보고 오시면 쉽게 오실 수 있어요 ^^ - 신촌역 6번출구 새롬 문화회관

/* * http://sosal.tistory.com/ * made by so_Sal */ 1. CPU core 개수 확인하기2. OMP_NUM_THREADS 환경변수 추가하기3. Visual studio / OpenMP 설정하기4. For loop 속도 test 더블코어 이상의 CPU에서 for loop를 돌릴 때는일반적으로 하나의 cpu 코어만 사용하기 때문에 컴퓨터의 성능을 최대 활용하지 못합니다. 듀오 혹은 그 이상의 다중코어 CPU를 사용하는 프로그래머들은병렬 프로그래밍을 사용한다면 훨씬더 빠르게 실행할 수 있습니다. 1. CPU core 개수 확인하기 컴퓨터의 코어 개수를 확인하기 위해서는 내컴퓨터의 속성을 들어가시면 아래와 같이 확인 가능합니다. 제 싸구려 노트북은 듀오네요. 즉 2개의 코어..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Matrix Multiplication (매트릭스 행렬 곱연산)은 사실 어려운 개념은 아닙니다. 중학교? 쯤에 배웠던것 같은데, 이 개념을 바로 프로그래밍에 써먹기도 그다지 어렵진 않은 내용인것 같습니다. 2 by 2 matrix라고 생각했을 때 예를 들어보면 다음과 같습니다. - A matrix a1 a2 a3 a4 - B matrix b1 b2 b3 b4 A와 B의 matrix multiplication 결과를 C matrix (A**B)라고 할 때, C matrix를 구하는 방법은 다음과 같다. - C matrix a1*b1 +a2*b3 a1*b2 + a2*b4 a3*b1 + a4*b3 a3*b2 + a4*b4 A matri..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 병원에서 일을 마치고 나오는 길에 늦은 저녁밤인데도 공기가 너무 훈훈하길래사진몇방 찍을겸 마로니에 공원에 들렸습니다. - 의학자의 길... 이라고 이름 붙여진 오글거리는 도서관 입구 길입니다. Black mug라는 카페인데 커피가 기본 2샷으로 나오는데전 커피를 잘 못마셔서 여기서는 잘 안사먹구 자판기 커피를 뽑아먹습니다 ㅋㅋ.. 좌석이 저녁엔 반짝반짝 불이 켜지는데'발광푸딩' 이라고 할까요 ㅋㅋ 넘넘 귀엽습니다.선생님(?)으로 보이는 한분과 많은 아이들이 무대위에서 놀고있었습니다. 많은 연인들이 앉아서 사랑을 나누고있네용..부럽습니당 흑흑 공원 안쪾 벤치에도 역시 사람이 많아요.대부분 연인들입니다. 바람도 너무 선선하고 날씨가 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 대학로는 연극과 뮤지컬 등 다양한 장르의 소극장들이 옹기종기 모여 있어서 문화생활하기 정말 좋은 동네죠. 마로니에 공원과 함께 먹거리도 다양한것 같구요. 대학로 공연정보는 온라인에서도 확인하실 수 있습니다. http://대학로티켓.com 하지만 소극장이 이렇게 보다시피 너무너무 많고, 공연도 너무 다양해서 도대체 어디서 무슨연극을 하는지, 어떤 연극이 재밌는지, 혹은 뮤지컬이 어떤게 있는지 한눈에 보기가 어렵습니다. 여기 혜화역 3번출구 앞, 마로니에 공원에 위치한 좋은공연 안내센터에 들어가시면 연극이나 뮤지컬 등 공연들의 할인정보와 어떤 공연들이 있는지 한눈에 볼 수 있습니다! 요즘 영화한편 보는데 만원이나 드는데, 그 만원이면..