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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ - https://www.biostars.org/p/47022/ Open Reading Frame (ORF) vs Coding sequence (CDS) - Open reading frame DNA sequence는 6가지 reading frame이 존재한다. [ATG][CAT]GC A[TGC][ATG]C AT[GCA][TGC] Double strand로 존재하기 때문에, 상보서열까지 총 6가지의 경우의 수가 존재한다. 이 모든 reading frame에서 존재할 수 있는 Start codon 'ATG' (not always) 에서부터 Stop codon (TAA, TAG, TGA)으로 둘러쌓인 sequence를 ORF라고 할 수..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ find0 라는 파일에 integer pair가 저장되어 있는데 끝에 " 라는 문자때문에 프로그래밍 안에서 바로 연산을 할 수 없는 상황이었습니다. [sosal@sosalr tmp]$ head ./find0 8 1540" 8 3436" 8 3454" 8 6484" 8 6760" 8 7291" 8 7921" 8 7984" 8 10331" 8 10993" pair head(pair) V1 V2 1 8 1540" 2 8 3436" 3 8 3454" 4 8 6484" 5 8 6760" 6 8 7291" > typeof(pair[1,1]) [1] "integer" > typeof(pair[1,2]) [1] "character" > inte..

서울대공원과 동물원 놀러갔습니다 ^^ [2015년 6월 8일] 메르스 때문인지 사람도 별로 없고, 날씨도 너무 덥지도 않은 아주 좋은 날씨였어요! 서울대공원은 입장이 무료였어요. 동물원은 입장요금을 1인당 3000원씩 받았습니다 ^^ 청소년은 2000원, 어린이는 1000원이었어요. 테마가든과 자연캠프장 가격도 2000원으로 매우 저렴합니다! 동물원은 너무 넓어서 걷기 힘드니 리프트를 타기로 했어요. 서울대공원 및 동물원의 리프트는 1회 5500원, 2회 10000원, 당일권(종일권) 13000원입니다. 종일권으로 리프트를 5번이나 탔는데 (오고 내려가는) 정말 좋았어요 ^^ 연인끼리 데이트 하시는 분은 리프트를 타고 아름다운 풍경을 보면서 담소를 나누시면 좋을것 같아요~! - 리프트 풍경 서울대공원의 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 롤, 도타, 카오스 등등.. AOS류의 게임들이 대단한 인기를 끌고 있습니다. 저도 워크 카오스 시절부터 무척이나 이런 게임들을 많이 했는데.. 도타2 라는 게임에서 큰 이벤트를 열고있기에 포스팅을 해봅니다 ㅎㅎ. 도타 2가 쏜다고 합니다. 이번에 넥슨과의 연동으로 배포에 더 힘을 쓰고있는 것으로 보이네요. 일단 도타2와 넥슨아이디 연동만 끝내면 경품에 응모할 수 있습니다. - 연동하는 방법

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Nature Methods지에 실린 논문입니다. NGS 이후에 3세대 Sequencer중에 하나인 MinION Nanopore sequencer로부터 얻은 데이터에 대해 정확한 sequencing을 위한 데이터분석 관련 논문입니다. MinION Nanopore sequencer는 위의 그림처럼 usb크기의 아주 작은 sequencer다. 기존의 NGS sequencer와 달리, 다량의 잘려진 sequence fragment를 읽어들이는 것이 아닌, 하나의 DNA strand 전체를 한번에 읽어들일 수 있다는 장점이 있다. 현재까지는 variant가 아주 많은 부위 [예를들면 면역관련이나 류마티스 관절렴 등등, variant가 아주..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Vehicle 객체에서 기본적인 동작을 미리 구현하여 Car, Truck, Motocycle 등의 class를 구현할 때, 이미 기본적인 뼈대가 구현 된 vehicle 객체를 상속받음으로써 지역변수, 함수 등의 리소스들를 재활용 할 수 있다. 마찬가지로 도형에서도 shape라는 뼈대 class 객체를 미리 구현해 둔다면 Rectangle, triangle, Circle 등을 구현할 때, 자료를 재활용 하므로써 편하게 프로그래밍 할 수 있다. - Shape class 기본적으로 width, height 2가지 변수를 float으로 입력 받아 데이터를 생성하는 생성자를 가진다. getWidth(), setWidth() 등의 gette..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Question 2 (20 points) recursion. We want to compress strings that have long sequences of equal characters. For example, we want to compress "bbbbaaa$$$$$$$$$$$$$$$$d" to "b4a3$16d1". In the compression, each sequence of equal characters is given by the character followed by the length of the sequence. Write function compress to do this. Use no loops; us..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ table = { 'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R'..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 미국은 mm/dd/yy 순서로 날짜를 표현합니다. 예를들어 2015년 06월 03일은 6/3/15 정도로 표현됩니다. 하지만 유럽은 dd/mm/yy 순서로 날짜를 표현합니다. 그리고 한자리 숫자의 경우 꼭 10의 자리에 0을 붙여줍니다. 2015년 06월 03일은 03/06/15 정도로 표현됩니다. python으로 미국형 날짜순서를 유럽형으로 바꾸는 코드입니다. ex1 ) Input: 6/3/15 output: 03/06/15 ex2 ) input: 01/29/13 output: 29/01/13 __author__= "sosal" def europeanize(date): days = date.split('/') # /으로 구분되어..

친구놈들이 문어치킨이 그렇게 맛있다며 저를 끌고 가는데.. 무슨 치킨이랑 문어가 어울리냐며 투덜대는 저를 강제로 집어놓고서는 일단 주문부터 들어갑니다 ㅋㅋ. 문어치킨 세트 하나랑 술을 시킨다는게, 아니 맥주도 아니고 무슨 소주를 시키네요 --; 뭐 요즘 과일소주가 핫하다고, 좋은데이 블루베리로 친구들이 달리잡니다 ㅋㅋ. 소주는 쓴맛에 먹는거라며 처음엔 이해를 못했는데, 정말 맥주보다도 쑥쑥 잘넘어가는 좋은데이 블루베리 덕에 치킨과 문어가 몇분 지나지 않아 동이나버리네요 ㅋㅋ.. 좋은데이 블루베리 말고도 유자, 석류도 있다던데 편의점에서 물량이 없어서 팔질 않으니 맛조차도 알지못하겠네요 ㅠㅠ. 그래서 좀 찾아봤더니 아니 요거시 부산에서 그렇게 난리가 났다던 좋은데이 신제품 !! 전 사실 소주라면 다 그냥 ..