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/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 한 환자의 variant(mutation: rsid)를 알 때, 그 variant를 이용하여 여러가지 정보를 얻을 수 있다. 이 포스팅에선 rsid: rs76334696를 예로, 해당 mutation의 allel frequency, SIFT score 등을 구하는 방법을 알아보고이 mutation에 해당되는 gene에 문제가 생겼을 때, 어떤 phenotype(표현형) 이 생기는지, 어떤 pathway를 가지고 있는지 등을 알아보고자 한다. Variant Information - rsid 정보를 이용하여 Variant information 구하기.: Ensembl 에 해당 rsid를 검색한다. Figure 1.1, 1.2 Refe..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ C#, .Net으로 만들어진 .exe 파일의 소스를 들여다보고 싶으면? 바로 Decomplier를 사용하면 되는데, 그 정류도 다양하죠. Reflector, justdecomplie, dotPeek 등등.. 흔히들 reflector를 가장 많이쓰는것 같습니다. (저만의 아주 좁은 시야... 로..) dotPeek은 Symbol (함수나 변수 등) Usgae를 보여주는 장점이 있고 인터페이스도 깔끔한것 같습니다. reflector는 그냥 텍스트만 보여주죠.. 하지만 난독화라던지, 디컴파일에 방해되는 장치가 있을경우 dotPeek의 장점은 좀 줄어든다곤 하는데 사실 제가 소스를 날려먹은 입장에서 다시 복구하려고 하는짓이니 그것에 대한..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 오랜만에 컴퓨터 포맷하고 윈도우를 다시 깔았더니,SecureBoot가 제대로 구성되지 않았다고 뜨네요.. 계속 거슬리게 놔둘수도 없고, 어쨋던 지워야하니 좀 알아봤습니다. 컴퓨터를 켰을 때, BIOS모드로 들어가서 BIOS 설정을 하면 된다기에, BIOS 설정 -> Security -> SecureBoot를 Enable로 바꾸려고 했더니회색으로 떠서 고칠수도 없는 상황이었습니다. 그래서 구글링을 해보니, Microsoft에서 친절하게 답변을 주시네요.. KB2902864 업그레이드를 하면 없어진다고 하네요..http://www.microsoft.com/ko-kr/download/details.aspx?id=40879 여기서 다운로..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 서점에서 지나가는듯 Bioinformatics 책을 봤는데역상보서열 만들기 주제로 단원이 하나 있길래 심심해서 저도 만들어봅니다 ㅎㅎ. 커맨드 인수 argv를 통해서 input을 받고, 해당 서열의 역상보 서열을 출력합니다. #include#include#includeusing namespace std; string convert(string str); int main(int argc, char* argv[]){ string str(argv[1]); string revcomp = convert(str); cout

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ R 프로그래밍에서 RWeka를 설치하고 난 후, 라이브러리를 로드 해봤습니다. library(RWeka) 허나... 컴퓨터에 jvm.dll이(가) 없어 프로그램을 시작할 수 없습니다. 프로그램을 다시 설치하여 이 문제를 해결하십시오. 분명 java가 깔려있는데 이해할수가.. R programming 뿐 만 아니라 jvm.dll을 path로 접근하는 모든 프로그램은 jvm.dll로 접근하기 위한 path 환경설정이 제대로 안되어 있을 때, 이러한 에러를 출력합니다. 이런 에러의 이유는 다음 두가지입니다. 1. JAVA를 설치하지 않으셨을 때. 2. JAVA를 설치했지만, PATH 환경변수에 jvm.dll 위치를 등록하지 않으셨을 때..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 1. 웹서비스로 알아내기2. R 프로그래밍을 이용하여 알아내기 1. 웹서비스로 알아내기 Ensembl로 Gene name을 알아내야 하는 일이 생겼다. ENSG00000116783ENSG00000139656ENSG00000196987ENSG00000216560...... bioinformatics의 아주 기본적인 일인듯 한데, 모르니 일단 구글링으로 GeneCards라는 사이트를 알아 냈다.들어가니 바로 Human gene database 검색기능이 있었다. ENSG00000116783Ensembl을 이용하여 검색하니 바로 결과가 뜬다. Advanced Search를 이용하면 한번에 많은 Ensembl을 이용하여 검색도 가능하다...

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ - winSCP FTP 프로토콜을 이용해서 귀찮게 파일을 수정했다가, 전송했다가 이래저래 귀찮게 작업하시는 분들을 위한 프로그램입니다. - 프로그램 소개 http://winscp.net/eng/docs/lang:ko winscp.net에서 직접 받기 귀찮으신 분들을 위한 즉석 링크 - Download - Install package: http://winscp.net/download/winscp556setup.exe - No install (Portalble) : http://winscp.net/download/winscp556.zip - 동기화 방법 http://winscp.net/eng/docs/task_synchronize 물..

/* * http://sosal.tistory.com/ * made by so_Sal */ 한글판 putty인 iPutty는 다음 url에서 다운로드 받으실 수 있습니다. - 공식사이트 바로가기 https://bitbucket.org/daybreaker/iputty/ iPutty는 사실 투명putty로도 유명합니다. 위 홈페이지에 접속하면 메인에 있는 글입니다. 귀찮으시면 바로 아래 직접 링크를 걸어드렸습니다. - iPutty 다운로드 Welcome iPuTTY is a Korean localized version of PuTTY, the SSH + terminal emulator. Key Additions Semi-transparent windows Transparency can be configure..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ NGS data analysis의 workflow를 공부하면서, SAM과 BAM format을 공부하게 되었습니다. SAM 포맷의 간단한 예는 다음과 같습니다. 적당히 구글에 sam file example 정로로 검색하면 나오는 파일입니다.정확한 URL은 다음과 같습니다.https://code.google.com/p/bamseek/downloads/detail?name=ex1.sam http://samtools.github.io/hts-specs/링크에 들어가시면 다음과 같은 포맷들의 specification 문서가 나옵니다. 여기서 SAMv1 파일을 열람하여 SAM file의 구조를 공부하였습니다. BAM과 SAM의 format..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ http://www.centos.org/download/ 위 사이트에 접속한 후, 바로 iso 이미지를 받을 수 있다. 이미지에 대한 설명은 각 미러사이트에 접속해서 readme.txt 를 읽어보면 나온다.편의를 위해 내용을 같이 포스팅합니다. CentOS-7.0-1406-x86_64-DVD.iso This DVD image contains all the packages that can be installed using the installer. This is the recommended image for most users.CentOS-7.0-1406-x86_64-Everything.iso This image contains t..