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Microarray로 분석을 하고있었다.


 

 

chip type: HuGene-2_0-st로 작업을 하고 있기에, Affymetrix Power Tool (APT)를 사용하기 위해서는

cdf파일이 input으로 들어가는 상황이었다.



- Affymetrix library 파일을 받을 수 있는곳

http://www.affymetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=hugene-1_0-st-v1


그러나 library 파일을 아무리 다운받아봐도 cdf파일이 없었다.

bgp, cif, clf, grc, mps, pgf, ps, qcc, smd.. 뭐 이런파일들은 있는데..



나와 비슷한 사람들이 bioconductor 질문게시판에 질문이 있었는데, 다음과 같은 답변을 찾을 수 있었다.


Please note that for whole genome arrays Affymetrix has replaced CDF-files with PGF-files and CLF-files



그러고보니 APT에서 -d chip.cdf 인자 대신에

-p chip.pgf -c chip.clf 를 지원하는것이 아닌가...


멍청하면 손발이 고생한다더니, 이걸로 하루를 날렸다 ㅠㅠ.

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Posted by sosal sosal

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