VEGF-A Expression correlates with TP53 mutations in NSCLC
INTRODUCTION
Bevacizumab은 항암제로서 종양에 있어서 많이 사용되는 약물이며 Vascular endothelial growth factor-A (VEGF-A)을 대상으로 한다. Carboplatin, paclitaxel과 결합된 치료법은 실제로 화학요법만 사용했을 때의 생존인 10.3개월보다 2개월 높은 12.3 개월로서 증명되었다. 이 약은 renal, colon, glioblastoma 등등의 암에 대해서도 사용되어지고 있다.
TP53에 돌연변이가 존재하는 종양에 대해서 bevacizumab를 사용하는 치료법은 생존기간이 더 높아지는 것이 통계적으로 매우 유의하게 나왔다. 다른 보정변수와 함께 multivariate analaysis 결과 p<0.001 로 굉장히 유의하게 나왔다. 돌연변이와 약물관계의 상관관계에 대한 메커니즘은 밝혀지지 않았지만 TP53의 혈관형성에 대한 역할이 주된 요인일 것이라고 다른 연구들이 제안하고 있다. 또한 최근 데이터 분석에서 circulating levels of the short isoform of VEGA-A가 아주 강력한 biomarker 후보로 제안되고 있다.
이 논문에서는 다중회기를 이용하여 VEGF-A의 Expression과 TP53 돌연변이 상태가 연관되어있다는 것을 증명하였다.
DATA
Gene Expression Assay and analysis
RNA expression - Nanodrop
244K Human exon array
환자 각각 Normal tissue, Tumor tissue 두 샘플에서 Deferentially Expressed Gene을 추출함
Gene Mutations Analysis
QIAamp DNA Mini Kit(Qiagen)을 이용하여 DNA가 추출되었고, target exons의 PCR amplication을 통해 target sequencing을 하였다. SeqScape를 이용하여 alignment 후에 Variant calling을 하였고, 각각은 독립적으로 PCR reaction을 통해 실제 돌연변이 존재를 확인하였다.
Result
KRAS, EGFR, PIK3CA, BRAF, ERBB2 5가지의 mutation status와 VEGF-A의 상관관계를 분석하였다.
123명의 환자의 구성은 다음과 같다.
57명: Adenocarcinoma of the lung
50명: Squamous cell carcinoma
13명: Large-cell carcinoma
3 명: unclassified
통계분석은 비모수 검정 기법중의 하나인 mann-whitney wilcoxon test를 사용하였다.
http://www.r-tutor.com/elementary-statistics/non-parametric-methods/mann-whitney-wilcoxon-test
TP53의 mutation status와 나머지 파라미터들의 연관성 분석
VEGF-A expression을 독립변수로 하여 연관분석 결과
