C#에서 gene expression data 불러오기
/*
* made by so_Sal
*/
raw data를 읽어와 r=5, d=0.5를 이용하여 filtering 한 이후
textBox1 텍스트박스에 result.Count 결과 출력해주는 프로그램
private void load_GEO_rawdata()
{
List<string> result = new List<string>();
System.IO.StreamReader sr = new System.IO.StreamReader(@"C:\Users\bpark\Desktop\Gene_expression.csv");
while (sr.Peek() > -1)
{
string[] tokens = sr.ReadLine().Split(new string[] { ",", "8888" },
StringSplitOptions.RemoveEmptyEntries);
double min = 1.0f;
double max = 0.0f;
double r = 5.0f;
double d = 0.5f;
for (int i = 0; i < tokens.Length -1; i++)
{
double v = double.Parse(tokens[i + 1]);
if (v > 0.0f && v <= 1.0f)
{
if (min > v) { min = v; }
if (max < v) { max = v; }
}
}
if ((max / min) > r && (max - min) > d)
result.Add(tokens[0]);
}
textBox1.AppendText(result.Count.ToString());
}