Gene filtering from gene expression data in R

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Gene_expression.csv

Gene expression data로부터 데이터를 읽어와

r, d value에 따라 사용하고자 하는 DNA를 선별

data <- read.table("gene_expression.csv", header=F, sep=",") #데이터 불러오기

#csv 확장자는 ,으로 데이터 단위 분리

mmfilt <- function(r = 5, d = 0.5, na.rm = TRUE) {

  #na.rm = TRUE는 NA (null) 데이터일 경우 true로 리턴

function(x) {

minval <- min(x, na.rm = na.rm)

maxval <- max(x, na.rm = na.rm)

(maxval/minval > r) && (maxval - minval > d)

}

}

#Filtering: r = 5, d = 0.5로 설정

library(genefilter) #genefilter: Filtering 함수 라이브러리 불러오기

mmfun <- mmfilt()

ffun <- filterfun(mmfun)

sub<- genefilter(data[,2:83], ffun)

yeast <- data[sub, ]

#data[,2:83]

# 아래는 filtering 이후 TRUE data counting.

yes = T

count = 0

uncount = 0

for ( i in 1:6178 ){

if(sub[i] == yes){

count = count+1;

}

else

uncount = uncount+1;

}

count