so_sal　

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 새로운 연구를 진행할 때, 제안서를 쓸 때, 잘 모르는 분야에 대해 동양을 살펴볼 때 리뷰논문은 큰 도움이 됩니다. BRIC 에서는 주요 리뷰논문들을 한국어로 번역하여 공개하고 있습니다. http://www.ibric.org/myboard/list.php?Board=report&PARA9=3 2014.06.10 그래핀과 산화그래핀을 이용한 생의학적 응용 김현우 (POSTECH) Acc. Chem. Res. 2013; 46(10): 2211–2224 위의 리뷰를 시작으로, 2014년부터 지금까지 총 55건의 리뷰논문들이 번역되어 올라왔습니다. 영문 리뷰논문을 해석하는데 시간이 좀 걸려서 힘들게 읽었었는데, 제가 필요한 리뷰 논문이 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 맨 처음에 인덱싱하는것이 좀 오래걸리는데, 빌드 한번 해놓으면, 그 뒤로는 일반적인 랩탑에서도 RNA-seq 정량하는데 10분컷이 나온다고 합니다.. Each simulation was processed on average in less than 7.5 min on a single core. The total runtime for kallisto on the simulated data was 11.47 -Software https://pachterlab.github.io/kallisto/ http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3519.html

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 서버에서 관리를 할 때, 데이터베이스 encoding (character set)이 UTF8로 설정되어있지 않은 경우가 있다.이미 만들어져 있는 디비에서 select 쿼리를 이용하여 데이터를 보는데, 다 깨져있을 경우에 위와 같은 상황일 확률이 높다. 예를 들면 다음의 상황이다. mysql> select member_id, name, date, time from member limit 10; 이렇게 정보를 출력하는데, 인코딩 문제 때문에 알아볼 수 없는 경우가 있다. 이런 경우, 도대체 어떤 인코딩 설정으로 되어있기에, 이렇게 보이는 것일까?답은 character set에 있다. MySQL 커맨드에서 다음과 같이 입력하면 현재의 ..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ dbDSM: A manually curated database for deleterious synonymous mutations bioinformatics 저널에 2016년 2월 15일에 나온 논문이다. Synonymous mutation은 Amino acid sequence에 변화를 주지 않기 때문에 무시되는 경우가 많았지만 이러한 mutation이 쌓이게 되면 Splicing accuracy, mRNA stability, translation fidelity, protein folding, expression 등에 영향을 주고 결론적으로 disease에 영향을 주게 된다고 말하고 있다. dbDSM(Database of dele..

간단하게 RNASeq 데이터분석 관련하여 발표를 듣게 되었는데 심심해서 블로그에 정리하면서 들어봤다. RNA Sequencing pipeline Sample (Treated - Untreated, or Case - Control) -> cDNA로 변환 (illumina 기술에서), 실제로 RNA를 sequencing 하는 방법이 있긴 하지만, cDNA로 바꾼 후 시퀀싱 하는것이 일반적 -> Gene expression quantifying -> Normalization -> Signal pathway / Gene ontology RNASeq 결과로 얻을 수 있는 것 - Differential gene expression - Differential transcript expression - alternat..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 일 시 | 2016년 2월 22일(월)- 26일(금) 장 소 | 서울의대 동창회관 3층 가천홀 주 관 | 서울의대 정보의학실, 시스템 바이오 정보의학 연구센터 (SBI-NCRC) 주 최 | 서울대학교병원 유전체 임상 정보분석 훈련센터 제10차 Genome Data Analysis Workshop을 개최하며 안녕하십니까? Genome Data Analysis 웍샵이 어느 새 제10회를 맞이하게 되었습니다. 그간의 많은 시행착오에도 변함없이 보내주신 뜨거운 성원과 격려에 깊이 감사드립니다. GDA 실습자료를 묶어 발간한 ‘유전체 데이터 분석’ (범문에듀케이션)도 2015년 수정한 2판을 발간했습니다. 올해는 Springer사에서 영문..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ Haplotype(일배체형)은 Haploid(반수체) + genotype(유전형) 이다. 유전학에서는 같은 염색체상에 있는 대립형질의 조합을 말한다. 또한 연관되어있는 SNP(Single Nucleotide Polymorphism) 집합을 의미하기도 한다. - https://ko.wikipedia.org/wiki/하플로타입 연관되어 있다는 건, 동일한 염색체 위에 가까이 존재하는 2개의 유전좌위는 함께 다음세대에 전달된다는 뜻이다. 다른 염색체이 있는 경우는 독립적으로 유전될 것이고, 한 염색체에서 매우 먼 위치에 존재하는 경우 유전자 재조합에 의해 함께 전달되지 않을 수 있다. htSNP: Haplotype-tagging SNP..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ imac에 mac OS가 설치가 안되어있어서, 윈도우를 바로 설치하려고 하였다. windows iso 파일과 ultraiso를 이용하여 bootable usb device를 만든 후, 아이맥 전원을 키면서 option (alt)를 누르고 있으면 windows 설치 부팅이 가능하다. 하지만, 맥 혹은 아이맥에서 기본으로 설치하게 되면, 다음과 같은 오류를 볼 수 있다. - 이 디스크에 windows를 설치할 수 없습니다. 선택한 디스크가 GPT 파티션 스타일입니다. 이 경우, shift + F10을 누르면 cmd(command) 화면을 띄워서 다음과 같은 명령어로 문제를 해결할 수 있다. 0. shift + F10 키로 cmd 창을..

/* * http://sosal.kr/ * made by so_Sal */ 윈도우 Putty ssh 클라이언트를 이용해서 리눅스에서 서버작업을 하고있다. 특히 R에서 graph를 그릴 때, 파일로 저장해서 그리곤 했는데, 별로 불편함을 못느껴서 파일로 저장하고 winSCP 같은 SFTP로 그림파일을 하나하나 다운받아서 확인해보고 했었다. 최근에 멍청한 방법이란걸 깨닫고 X11 포워딩을 검색하였더니 쉽게 해결방법을 찾을 수 있었다. 아래의 포스팅에서 대부분 가져온 내용입니다. http://ts.devbj.com/138 putty는 좀 불편해서 투명푸티로 유명한 iputty를 사용하고 있었는데, putty나 iputty나 모두 적용 가능한 방법이다. 사용하고 있는 Putty (혹은 iPutty)에서 x11 ..